Le projet pilote de séquençage du génome entier au service des familles ontariennes

Dirigé conjointement par CHEO et SickKids, Genome-wide Sequencing Ontario (GSO) vise à permettre la médecine de précision grâce à des diagnostics opportuns de maladies rares.

Le 26 avril 2022 — Ottawa et Toronto — Anna, âgée de douze ans, et sa famille, qui habitent à Ottawa, sont à la recherche de réponses diagnostiques depuis qu’elle a six mois. Isla, 4 ans, a été, dès sa première semaine de vie, un mystère médical. Un projet pilote du CHEO, un centre de recherche et de soins de santé pédiatriques à Ottawa, et de l’Hospital for Sick Children (SickKids) à Toronto, vise à faire en sorte que les Ontariens atteints de maladies rares aient accès à des diagnostics génétiques opportuns au moyen d’un séquençage du génome entier (SGE).

Genome-wide Sequencing Ontario (GSO) est un projet pilote de mise en œuvre et d’amélioration de la qualité pour le diagnostic des maladies rares, conçu pour offrir un diagnostic rapide clinique aux patients de l’Ontario soupçonnés d’avoir une maladie génétique rare grâce au SGE. Le projet pilote, qui vient tout juste de terminer la première année de son mandat de deux ans, fournit des SGE sous forme de séquençage de l’exome et de séquençage du génome à environ 2 000 familles ontariennes. Le séquençage de l’exome examine le 1 à 2 % le plus important du génome, notamment parce qu’il code les protéines, tandis que le séquençage du génome analyse le génome entier.

Même si le séquençage de l’exome était déjà disponible pour les patients de l’Ontario par l’entremise de laboratoires à l’extérieur du Canada, GSO déterminera s’il est possible d’offrir un accès accru au SGE et des résultats plus rapides à partir de ce dernier tout en conservant toutes les données et tous les échantillons en Ontario. Avant le lancement du GSO, les patients et leur famille attendaient souvent plus de six mois avant que le séquençage du séquestre soit terminé et on ne savait pas grand-chose des coûts et de la qualité ou des résultats des tests, y compris l’incidence sur les systèmes de santé et le pourcentage d’Ontariens qui reçoivent un diagnostic.

À ce jour, GSO a séquencé l’ADN de plus de 1 800 patients et membres de la famille, et a retourné presque tous les résultats d’analyse dans les trois mois suivant l’obtention des échantillons. En outre, GSO a pu diagnostiquer 32 % des familles participantes, ce qui correspond aux taux de diagnostic signalés pour cette technologie dans le monde.

De longues odyssées de diagnostic peuvent entraîner du stress, des soins fragmentés pour les patients atteints de maladies rares

Plus du tiers des quelque 930 000 Ontariens atteints d’une maladie rare n’ont toujours pas de diagnostic génétique, malgré les longues et coûteuses recherches. Des Ontariens comme Anna, qui a passé la majeure partie de sa vie sans réponses.

L’enfance d’Anna a régulièrement été rythmée par ses blessures causées par une la faiblesse musculaire persistante et ponctuée par des centaines de visites de médecins. Son équipe clinique au CHEO a effectué des dizaines de tests, dont des biopsies musculaires, des tests métaboliques et au moins cinq tests génétiques différents, mais aucun diagnostic concluant n’a été atteint.

Les tests génétiques conventionnels impliquent la mise à l’essai de sous-ensembles de gènes, qui conduisent souvent à de multiples tests et analyses, ce qui peut présenter un processus compliqué et chronophage pour les cliniciens, les patients et les familles. En revanche, le SGE peut rechercher tous les gènes connus pour trouver des variants qui pourraient être à l’origine de maladies, ce qui permet d’examiner de façon beaucoup plus exhaustive les données génétiques d’un patient.

Isla avait une jaunisse sévère, des éruptions cutanées, une énergie extrêmement faible, de la difficulté à se nourrir et des problèmes de croissance associés à des niveaux élevés de marqueurs d’inflammation dans son sang à seulement une semaine. Elle a passé plus d’un an entre la maison et SickKids, souffrant de fièvres élevées, d’infections, de problèmes respiratoires et de reflux acide extrême. Son équipe clinique soignait ses symptômes tout en cherchant la cause sous-jacente, mais les tests d’analyse sanguine, de moelle osseuse, du système immunitaire, d’ADN et même plus n’ont rien donné.

Les diagnostics apportent clarté et ouverture aux plans de traitement et soulagement pour les patients et leur famille

Un diagnostic peut souvent être la première étape pour accéder à des soins ciblés et pour les familles, il peut apporter un soulagement émotionnel et un meilleur accès au soutien et aux ressources.

Isla a commencé avec un médicament biologique pour réduire ses niveaux d’inflammation avec l’espoir qu’il pourrait aider à résoudre ses autres problèmes de santé. Pourtant, son équipe clinique et sa famille voulaient une explication de toutes les préoccupations d’Isla en matière de santé afin d’aider à optimiser le traitement et à prévenir les complications. Isla a fait l’objet d’un séquençage de l’exome comme l’une des dernières options de diagnostic, qui a trouvé un nouveau changement d’ADN dans un gène appelé CDC42, qui est connu pour causer une inflammation sévère. Fort de ces connaissances, la famille et l’équipe clinique d’Isla étaient convaincues que leur plan de traitement était le bon.

Anna a eu le séquençage du génome dans le cadre de l’étude d’amélioration de la qualité du GSO afin d’évaluer les avantages de l’interrogation du génome entier. GSO a signalé qu’elle avait une maladie génétique rare en raison de deux variants affectant un gène appelé SELENON. Elle a hérité d’un variant de sa mère et d’un variant de son père. Le séquençage du génome était essentiel à l’identification de ces variants chez Anna, car elles n’étaient pas détectables par les technologies d’essai précédentes et n’auraient pas été identifiées par le séquençage de l’exome. Bien qu’elle soit petite pour son âge et que son développement osseux soit retardé, elle suit des cours de natation, fait de son mieux pour suivre les amis à la récréation, obtient de bonnes notes et est une lectrice avide. Comme n’importe quel enfant de 12 ans, elle adore passer du temps sur sa tablette à jouer à des jeux. « Peut-être même un peu trop », dit Anna.

« Il a fallu 12 ans pour pouvoir enfin nommer ce avec quoi Anna vivait chaque jour depuis qu’elle était bébé. Quand nous avons eu les résultats du séquençage du génome et le diagnostic, c’était la première fois en 12 ans que nous pouvions lire quelque chose avec un nom et dire : “C’est ça! C’est ce à quoi nous avons affaire” », a déclaré Mallory Boileau, la mère d’Anna. « Ce serait formidable pour les familles d’obtenir ce type de réponse au début de leur périple. Douze ans sans réponses, c’est dur. »

Maintenant, la famille et l’équipe de soins d’Anna peuvent garder un œil sur les complications potentielles associées à son diagnostic. Mallory dit : « L’ignorance est parfois la chose la plus terrifiante. Nous n’avons plus besoin de passer notre temps à essayer de deviner et, désormais, nous pouvons régler les choses avant qu’elles ne deviennent un problème. C’est un véritable soulagement. »

La famille d’Isla est aussi reconnaissante. « Après qu’Isla ait commencé son traitement, vous pouviez voir à quel point elle se sentait mieux. Isla avait soudainement plus d’énergie et commençait à sourire et même à rire », explique Miki Simmons, la mère d’Isla. « À quatre ans, Isla suit tous ses frères et sœurs plus âgés et je ne sais pas où nous serions si nous n’avions pas eu le plan de traitement et les réponses diagnostiques que nous avons faits quand elle était bébé. »

GSO examinera le coût et la faisabilité du séquençage du génome comparativement au séquençage de l’exome

Un sous-ensemble de 650 familles formera la base d’un projet pilote d’amélioration de la qualité, la moitié des familles recevant le séquençage du génome plutôt que la norme de soins actuelle, soit le séquençage de l’exome. Le séquençage de l’exome se concentre sur 1 à 2 % de l’ADN qui encode les protéines, parce que les variants génétiques qui modifient la fonction normale des protéines sont la cause la plus probable de maladie grave. Le séquençage du génome, bien qu’il s’agisse actuellement d’une technologie plus coûteuse, détermine presque toute la séquence d’ADN d’une personne.

Dans le cadre de ce projet d’amélioration de la qualité, GSO comparera les résultats de chaque type de séquençage et les résultats éclaireront une évaluation robuste de l’utilité diagnostique, de la rentabilité et de la rapidité du séquençage de l’exome et du séquençage du génome, ce qui, espérons-le, éclairera les politiques provinciales et interprovinciales liées au diagnostic fondé sur le génome des maladies rares.

GSO est financé par le ministère de la Santé de l’Ontario et Génome Canada, par l’entremise de Ontario Genomics.

Le financement de Génome Canada s’inscrit dans le cadre de son initiative précise de santé Tous pour un qui fait progresser une nouvelle norme de soins de santé pour les Canadiens, améliorant l’accès au séquençage du génome entier pour le diagnostic et le traitement de maladies génétiques mortelles. Aujourd’hui, grâce à la portée pancanadienne, à des investissements importants et à un partenariat solide des autorités provinciales et régionales des services de santé, Tous pour un est déployé dans six projets de mise en œuvre desservant neuf provinces.

De plus amples renseignements et ressources sur GSO se trouvent à https://gsontario.ca/.

Devis des partenaires

« Notre gouvernement est fier d’appuyer ce projet pilote avec CHEO et SickKids, qui a déjà aidé plusieurs familles en Ontario en à peine un an de mise en œuvre. Ce projet prometteur améliorera les résultats pour les patients en leur offrant un accès opportun aux diagnostics génétiques, ce qui est une autre façon pour l’Ontario de construire un système de soins de santé mieux connecté, centré sur les besoins des patients. »
– Christine Elliott, vice-première ministre et ministre de la Santé de l’Ontario

« Un diagnostic précoce des maladies rares au niveau moléculaire est essentiel pour raccourcir le périple diagnostique des patients atteints de maladies rares, comme Anna et Isla, et s’assurer qu’ils peuvent accéder aux soins appropriés dès que possible. Ce partenariat utilise des outils de génomique pour éclairer les politiques provinciales et interprovinciales qui améliorent le diagnostic des maladies rares et la qualité de vie. »  – Dre Bettina Hamelin, présidente et chef de la direction, Ontario Genomics  

« Pour des parents comme Anna, il y a un stress incroyable et largement invisible qui va de pair avec le fait de ne pas savoir ce qui cause l’état de leur enfant. En plus de ce stress est un désir désespéré de trouver des réponses et de faire ce qu’il y a de mieux pour eux. Et cette incertitude qui persiste pendant des années est un véritable fardeau. En tant que cliniciens, nous voulons donner plus de certitude à ces familles dès que possible. Nous espérons que les résultats de notre projet feront de cette possibilité une réalité. »
– Dr Kym Boycott, président, Département de génétique, CHEO

« L’accès rapide à des tests génétiques complets, comme le séquençage des exomes ou des génomes, doit être la pierre angulaire des soins de santé pour les enfants et les jeunes qui ont soupçonné des maladies génétiques, mais non diagnostiquées. Avec GSO, non seulement nous sommes en mesure de fournir ces tests, mais nous nous préparons également pour l’avenir lorsque le séquençage du génome pourrait devenir le nouveau test clinique standard de soins pour ces patients. Ce projet pilote est une autre étape dans la voie de la réalisation de la vision Precision Child Health de SickKids, où chaque patient et chaque famille reçoivent des soins personnalisés.
– Martin Somerville, chef de division, Diagnostics du génome, SickKids

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Jessamine Luck, SickKids
jessamine.luck@sickkids.ca

 

 

À propos de l’Hôpital pour enfants malades (SickKids)

L’Hôpital pour enfants malades (SickKids) est reconnu comme l’un des établissements de soins de santé pédiatriques les plus importants au monde et est le principal centre canadien voué à l’avancement de la santé des enfants par l’intégration des soins aux patients, de la recherche et de l’éducation. Fondé en 1875 et affilié à l’Université de Toronto, SickKids est l’un des hôpitaux à forte intensité de recherche au Canada et a produit des découvertes qui ont aidé des enfants dans le monde entier. Sa mission est de fournir le meilleur dans les soins complexes et spécialisés axés sur la famille; innover sur les plans scientifique et clinique; partager l’expertise; favoriser un milieu universitaire qui encourage les professionnels de la santé; et défendre un système de santé des enfants accessible, exhaustif et durable. SickKids est un membre fondateur de Kids Health Alliance, un réseau de partenaires œuvrant à la création d’une approche de soins de santé pédiatrique de haute qualité, cohérente et coordonnée, centrée sur les enfants, les jeunes et leur famille. SickKids est fier de sa vision de créer un monde meilleur où les enfants sont en meilleure santé