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tests génétiques disponibles

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Laboratoire de génétique | Requêtes et formulaires 

Questions fréquemment posées | Exigences pour les échantillons

Le Laboratoire de diagnostic génétique du CHEO effectue des tests pour la détection de plusieurs anomalies chromosomiques constitutionnelles et acquises (cytogénétique), de même que pour le diagnostic de plusieurs maladies héréditaires (génétique moléculaire). Pour de plus amples informations sur un test ou une maladie en particulier, veuillez consulter le tableau ci-dessous. Pour plus de renseignements quant aux échantillons requis, contactez l’un de nos conseillers en génétique de laboratoire: GDLAdmins@cheo.on.ca

Consulter par nom de syndrome/test:

A

Analyse disponible: Prioritaire (incluant prénatal*), Routine
Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Ce test est disponible dans les cas d’antécédents familiaux positifs. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal:
Liquide amniotique: 1x 20mL
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 80ng (4ul, concentration de 20ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse d’amplification multiplex par ligation de sondes, spécifique à la méthylation (MS-MLPA), qui permet la détection des copies d’origine maternelle et paternelle dans la région 15q11-q13. Ce test détecte les anomalies résultant d’une délétion, d’une disomie uniparentale (UPD) ou d’une anomalie de l’empreinte génomique; toutefois, il ne permet pas de faire la différence entre la disomie uniparentale et les anomalies de l’empreinte génomique.

Limites du test

Un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de syndrome d’Angelman, puisque près de 25% des cas sont causés par des variations de séquence qui ne causent pas de méthylation anormale dans la région liée au syndrome d’Angelman.

Délai pour obtenir les résultats

Expedited: 2 weeks

Routine: 6 weeks

Requête

Analyse disponible: Prénatal, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)

Adulte: 2 x 6 mL

Enfant: 2 x 3 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal:

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20 mg

Cellules en culture: 2x flacon T25

ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par les services de Génétique, Cardiologie ou Néonatalogie du CHEO sont acceptés.
Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Tests prénataux: Veuillez contacter à l’avance le laboratoire. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Contenu en gènes

Gènes Inclus
Panel Nombre de gènes Gènes Inclus

Arythmie

 40

CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CTNNA3, DES, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FLNC, GLA, HCN4, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, LAMP2, LMNA, NKX2-5, PKP2, PLN, PPA2, PRKAG2, RBM20, RYR2, SCN5A, SLC22A5, SLC4A3, TBX5, TECRL, TMEM43, TNNI3K, TRDN, TRPM4, TTN, TTR 

Cardiomyopathie adulte et arythmie

96

ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, GAA, GATA4, GLA, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, KLHL24, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MIB1, MRAS, MT-TI, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPA2, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS2, RYR2, SCN5A, SHOC2, SLC22A5, SLC4A3, SOS1, SOS2, TAFAZZIN, TBX5, TECRL, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRDN, TRIM63, TRPM4, TTN, TTR, VCL 

Cardiomyopathie pédiatrique et arythmie

113 

ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, AGL, ALMS1, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CBL, CPT2, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, KLHL24, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, MT-TI, GAA, GATA4, GLA, HADHA, HADHB, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MIB1, MRAS, MTO1, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NF1, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPA2, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS, RRAS2, RYR2, SCN5A, SGCD, SHOC2, SLC22A5, SLC25A20, SLC25A4, SLC4A3, SOS1, SOS2, SPRED2, TAB2, TAFAZZIN, TBX20, TBX5, TCAP, TECRL, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRDN, TRIM63, TRPM4, TTN, TTR, VCL 

Liste des variants analysés en dehors des régions codantes:

Liste des variants analysés en dehors des régions codantes:
Gène Variants Transcript

ABCC9

c.4512+746_4512+747insT

NM_020297.4

ACADVL

c.62+21_62+28del, c.1183-15A>G

NM_000018.4

AGL

 

c.1736-11A>G, c.4260-12A>G

NM_000642.3 

ALPK3

 

c.-25dup

NM_020778.5

CACNA1

 

c.1114-316G>A, c.1114-313G>A, c.1114-307A>G, c.1114-304G>C, c.1114-304G>A, c.3946-43del

NM_000719.7

DES

 

c.1289-741G>A 

NM_001927.4

DMD

 

c.9974+175T>A, c.9563+1215A>G, c.9362-1215A>G, c.9225-285A>G, c.9225-647A>G, c.8217+32103G>T, c.8217+18052A>G, c.6614+3310G>T, c.6291-13537A>G, c.5448+67A>G, c.5155-719_5155-31del, c.4675-11A>G, c.4072-267del, c.3603+2053G>C, c.3603+820G>T, c.3432+2036A>G, c.2292+1024G>T, c.1812+601A>G, c.961-5831C>T, c.832-15A>G, c.832-186T>G, c.650-39498A>G, c.265-463A>G, c.31+36947G>A

NM_004006.3

DYSF

 

 

c.1577-1692G>A, c.1577-1655C>G, c.1577-1651delinsAA, c.1577-1649G>A, c.3497-33A>G, c.5003+1249G>T, c.5785-824C>T

NM_001130987.2

FHL1

c.737-479G>A 

NM_001159699.2 

FKTN

 

c.165+1427A>G, c.648-1243G>T, c.5374_5846del

NM_001308093.3

GAA

 

c.-32-17_-32-10delinsTCCCTGCTGAGCCTCCTACAGGCCTCCCGC, c.-32-13T>G, c.-32-3C>A, c.-32-2A>G, c.-32-1G>C, c.1076-22T>G, c.2647-20T>G

NM_000152.5

GATA4

 

 

c.913-55T>C

NM_000238.4 

GLA

 

c.640-801G>A, c.640-814T>C, c.640-859C>T

NM_000169.3 

HADHB

 

c.442+663A>G, c.811+82A>G

NM_000183.3

HRAS

 

c.450+132_450+141del

NM_007078.3

KCNH2

 

c.2399-28del, c.1128+1820_1128+1821del, c.1128+1810C>T 

NM_006073.4

KCNQ1

 

c.386+16231G>A, c.1514+37364_1514+38744del 

NM_000218.3

KRAS

 

c.451-5610C>T, c.451-5642A>T, c.451-5642A>C

NM_004985.5 

LDB3

 

c.690-4733G>A, c.690-4678C>T

NM_001079802.2

LMNA

 

c.640-10A>G, c.937-22_937-10del, c.937-11C>G, c.1157+23_1158-45del, c.1609-12T>G, c.1711_1712delinsTC, c.1698+13C>A

NM_170707.3

LZTR1

 

c.-38T>A, c.264-13G>A, c.1943-256C>T, c.2220-17C>A

NM_006767.4 

MYBPC3

 

c.3628-41_3628-17del, c.3331-26T>G, c.2905+445_2905+448del, c.2309-26A>G, c.1927+600C>T, c.1227-13G>A, c.1224-19G>A, c.1224-52G>A, c.1224-80G>A, c.1090+453C>T, c.906-36G>A

NM_000256.3

MYH7

 

c.5158-16C>G

NM_000257.4

MYO6

 

c.2417-1758T>G

NM_004387.4

NF1

 

c.-273A>G, c.-272G>A, c.-272G>C, c.60+18227_60+18228ins
GGGCATGAACAACAGAAACTACCTGCTGCCACCTTGGCTTTA, c.61-7486G>T, c.205-19T>A, c.288+1137C>T, c.587-15_587-14del, c.587-14T>A, c.655-12_655-9del, c.731-14T>G, c.888+789A>G, c.889-21C>A, c.1063-14T>A, c.1063-13G>A, c.1260+1604A>G, c.1261-21T>G, c.1261-19G>A, c.1261-13T>A, c.1393-1555C>G, c.1393-592A>G, c.1527+1159C>T, c.1642-449A>G, c.1642-10A>G, c.1721+21dup, c.1721+542A>G, c.1722-26T>C, c.1722-20_1722-17del, c.1722-11T>A, c.1722-11T>G, c.1846-569A>C, c.2002-14C>G, c.2002-10T>A, c.2252-13T>A, c.2410-18C>G, c.2410-16A>G, c.2410-15A>G, c.2410-14A>G, c.2410-13A>G, c.2410-12T>G, c.2991-11del, c.2991-11T>G, c.3114-11C>G, c.3198-314G>A, c.3871-13T>A, c.3974+260T>G, c.3975-11T>G, c.4110+945A>G, c.4578-21T>C, c.4578-20_4578-18del, c.4578-19A>G, c.4836-10T>G, c.5269-38A>G, c.5269-19C>A, c.5269-14C>G, c.5812+332A>G, c.5813-184_5813-178dup, c.5813-177A>C, c.5813-12_5813-9del, c.6148-16T>G, c.6148-13T>A, c.6428-11T>G, c.6642+18A>G, c.6642+31T>G, c.6705-17G>A, c.6820-10T>G, c.7063-10T>G, c.7190-20T>A, c.7190-12T>A, c.7458-17T>G, c.7870-24_7870-19delinsTTTTAG, c.7971-321C>G

NM_001042492.3

NKX2-5

 

c.335-204del

NM_003060.4

PKP2

 

c.1379-2045_1379-1738del, c.1379-1976G>A, c.1379-1992C>T, c.1379-1998C>T, c.1379-2047_1379-2043del, c.1379-2075_1379-2074dup, c.1379-2091A>T

NM_001005242.3

SCN5A

 

c.612-189C>T, c.612-229T>G, c.612-233G>C

NM_001267550.2

SLC22A

 

c.-149G>A, c.394-141T>C, c.394-16T>A, c.825-52G>A

NM_000335.5

TAFAZZIN

 

c.284+28G>A, c.284+110G>A

NM_000116.5

TBX5

 

c.664-342G>T

NM_181486.4

TRDN

 

c.484+1189G>A, c.22+29A>G

NM_004999.4

TTN

 

c.39974-11T>G, c.-272G>A, c.-272G>C, c.60+18227_60+18228ins
GGGCATGAACAACAGAAACTACCTGCTGCCACCTTGGCTTTA, c.61-7486G>T, c.205-19T>A, c.288+1137C>T, c.587-15_587-14del, c.587-14T>A, c.655-12_655-9del, c.731-14T>G, c.888+789A>G, c.889-21C>A, c.1063-14T>A, c.1063-13G>A, c.1260+1604A>G, c.1261-21T>G, c.1261-19G>A, c.1261-13T>A, c.1393-1555C>G, c.1393-592A>G, c.1527+1159C>T, c.1642-449A>G, c.1642-10A>G, c.1721+21dup, c.1721+542A>G, c.1722-26T>C, c.1722-20_1722-17del, c.1722-11T>A, c.1722-11T>G, c.1846-569A>C, c.2002-14C>G, c.2002-10T>A, c.2252-13T>A, c.2410-18C>G, c.2410-16A>G, c.2410-15A>G, c.2410-14A>G, c.2410-13A>G, c.2410-12T>G, c.2991-11del, c.2991-11T>G, c.3114-11C>G, c.3198-314G>A, c.3871-13T>A, c.3974+260T>G, c.3975-11T>G, c.4110+945A>G, c.4578-21T>C, c.4578-20_4578-18del, c.4578-19A>G, c.4836-10T>G, c.5269-38A>G, c.5269-19C>A, c.5269-14C>G, c.5812+332A>G, c.5813-184_5813-178dup, c.5813-177A>C, c.5813-12_5813-9del, c.6148-16T>G, c.6148-13T>A, c.6428-11T>G, c.6642+18A>G, c.6642+31T>G, c.6705-17G>A, c.6820-10T>G, c.7063-10T>G, c.7190-20T>A, c.7190-12T>A, c.7458-17T>G, c.7870-24_7870-19delinsTTTTAG, c.7971-321C>G

Détails de l’analyse

Les résultats de l'ADN sont obtenus par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (Twist Biosciences), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument NextSeq 1000/2000. L'analyse primaire et secondaire est effectuée à l'aide de la plateforme Bio-IT DRAGEN d'Illumina. Le séquençage Sanger est réalisé pour les régions d'intérêt qui ne sont pas capturées ou qui ont une couverture insuffisante (<20X). Le logiciel Emedgene (Illumina) est utilisé pour l'analyse tertiaire, qui se concentre sur les exons codant pour les protéines, les frontières exon-intron et les variants introniques spécifiques. Les variants qui ne répondent pas aux critères de qualité internes sont confirmés par une méthode orthogonale (séquençage Sanger, qPCR ou MLPA). Les variants de séquence sont rapportés selon les directives de la Human Genome Variation Society (HGVS). Les variants du nombre de copies (CNV) sont rapportés en fonction des coordonnées chromosomiques approximatives, avec des points de rupture précis pouvant différer. Les SNV et CNV sont classés selon les directives ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), le groupe de travail sur l'interprétation des variants de séquence de Clinical Genome Resource (ClinGen) et/ou les directives spécifiques du CHEO. Pour toute question concernant la couverture spécifique des gènes, la méthodologie ou l'interprétation, veuillez contacter directement le laboratoire.

Limites du test

Le test a une sensibilité de >99,9% pour les variants nucléotidiques simples (SNV) et les petits indels (<15 pb), et de >95% pour les délétions et duplications de plus d'un exon. Les indels plus grands (de 15 pb jusqu'à la taille d'un exon complet) et les CNV d'un seul exon sont détectés avec une sensibilité réduite.

Ce test détecte des changements génétiques dans les gènes/loci testés, selon la compréhension actuelle de la condition. Un résultat normal n'exclut pas une condition génétique, car certaines anomalies de l'ADN ne peuvent pas être détectées avec cette technologie. Les résultats des tests doivent être interprétés dans le contexte des observations cliniques, des antécédents familiaux et d'autres données pertinentes. Des résultats inexacts peuvent survenir si la qualité de l'ADN est sous-optimale ou si l'ADN est extrait par un autre laboratoire. Le test a une capacité limitée à détecter certains variants, tels que le mosaïcisme de bas niveau des SNV (<15% de fréquence allélique variante) et des CNV, une faible hétéroplasmie dans l'ADNmt, ainsi que les variants dans les régions génomiques de haute complexité. Il ne peut pas détecter les variants de structure, les CNV sur les chromosomes affectés par des aneuploïdies ou des grandes délétions/duplications, les variants affectant les exons 174-196 de TTN, ou les CNV dans MT-TI.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire : 2 semaines

Routine : 8 semaines

Dépistage de variant familial : 4 semaines

Requête

Analyse disponible: Prénatal*, Routine.

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles. Veuillez contacter le laboratoire afin de vérifier s’il est nécessaire d’acheminer un échantillon contrôle positif pour les tests prénataux.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal (dépistage de variant familial seulement)
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 50ng (10ul, concentration de 5ng/ul)

Exigences spécifiques

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon du gène SLC2A10 (NM_030777.3). Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardiomyopathy Sequencing custom kit, Illumina), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger.

Limites du test

Ce test est basé sur nos connaissances actuelles de l’étiologie génétique de cette condition, et est spécifiquement conçu pour identifier les altérations génétiques constitutionnelles affectant le gène mentionné ci-dessus (voir les Détails de l’analyse pour plus d’informations).

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines
Dépistage de variant familial: 4 semaines

Requisition form

B

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine

Échantillon requis

Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus BCL2 en 18q21 sont observés dans plusieurs types de néoplasies incluant le lymphome folliculaire, le lymphome diffus à grandes cellules B ainsi que le lymphome à cellules B de haut-grade. Les remaniements impliquant le locus BCL2 sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus BCL6 en 3q27 sont observés dans plusieurs types de néoplasies incluant le lymphome folliculaire, le lymphome diffus à grandes cellules B ainsi que le lymphome à cellules B de haut-grade. Les remaniements impliquant le locus BCL6 sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Le gène de fusion BCR::ABL1, résultant de la translocation t(9;22)(q34;q11.2) ou de certaines variantes de cette translocation, est observé dans la leucémie chronique myéloïde (LCM), la leucémie aiguë myéloïde (LAM), la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B), ainsi que d’autres types rares de leucémie. Cette translocation est détectable par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Par ailleurs, l’amplification du gène ABL1 qui est parfois observée dans la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules T (LAL-T) peut également être détectée à l’aide de ces sondes.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requisition form

Analyse disponible: Prénatal, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)

Adulte: 2 x 6 mL

Enfant: 2 x 3 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal:

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20 mg

Cellules en culture: 2x flacon T25

ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par les services de Génétique, Cardiologie ou Néonatalogie du CHEO sont acceptés.

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Tests prénataux: Veuillez contacter à l’avance le laboratoire. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Contenu en gènes

SCN5A, y compris les variants en dehors des régions codantes : c.612-189C>T, c.612-229T>G, c.612-233G>C (NM_001267550.2)

Détails de l’analyse

Les résultats de l'ADN sont obtenus par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (Twist Biosciences), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument NextSeq 1000/2000. L'analyse primaire et secondaire est effectuée à l'aide de la plateforme Bio-IT DRAGEN d'Illumina. Le séquençage Sanger est réalisé pour les régions d'intérêt qui ne sont pas capturées ou qui ont une couverture insuffisante (<20X). Le logiciel Emedgene (Illumina) est utilisé pour l'analyse tertiaire, qui se concentre sur les exons codant pour les protéines, les frontières exon-intron et les variants introniques spécifiques. Les variants qui ne répondent pas aux critères de qualité internes sont confirmés par une méthode orthogonale (séquençage Sanger, qPCR ou MLPA). Les variants de séquence sont rapportés selon les directives de la Human Genome Variation Society (HGVS). Les variants du nombre de copies (CNV) sont rapportés en fonction des coordonnées chromosomiques approximatives, avec des points de rupture précis pouvant différer. Les SNV et CNV sont classés selon les directives ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), le groupe de travail sur l'interprétation des variants de séquence de Clinical Genome Resource (ClinGen) et/ou les directives spécifiques du CHEO. Pour toute question concernant la couverture spécifique des gènes, la méthodologie ou l'interprétation, veuillez contacter directement le laboratoire.

Limites du test

Le test a une sensibilité de >99,9% pour les variants nucléotidiques simples (SNV) et les petits indels (<15 pb), et de >95% pour les délétions et duplications de plus d'un exon. Les indels plus grands (de 15 pb jusqu'à la taille d'un exon complet) et les CNV d'un seul exon sont détectés avec une sensibilité réduite.

Ce test détecte des changements génétiques dans les gènes/loci testés, selon la compréhension actuelle de la condition. Un résultat normal n'exclut pas une condition génétique, car certaines anomalies de l'ADN ne peuvent pas être détectées avec cette technologie. Les résultats des tests doivent être interprétés dans le contexte des observations cliniques, des antécédents familiaux et d'autres données pertinentes. Des résultats inexacts peuvent survenir si la qualité de l'ADN est sous-optimale ou si l'ADN est extrait par un autre laboratoire. Le test a une capacité limitée à détecter certains variants, tels que le mosaïcisme de bas niveau des SNV (<15% de fréquence allélique variante) et des CNV, une faible hétéroplasmie dans l'ADNmt, ainsi que les variants dans les régions génomiques de haute complexité. Il ne peut pas détecter les variants de structure, ou les CNV sur les chromosomes affectés par des aneuploïdies ou des grandes délétions/duplications.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire : 2 semaines

Routine : 8 semaines

Dépistage de variant familial : 4 semaines

Requête

C

Analyse disponible: Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang (adultes uniquement) : 2 x 6 mL tube EDTA (bouchon mauve)
ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)

ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)

Fibroblastes cultivés à partir de biopsie cutanée acceptés : veuillez contacter le laboratoire avant d'organiser les tests pour plus de détails.

Gènes inclus dans le panel de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate (HBOPC)

Gènes inclus dans le panel
Panel Nombre de gènes Gènes /variants inclus

Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate (HBOPC)

19

ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM (CNV only), HOXB13 (single variant: c.251G>A, p.(Gly84Glu) only), MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, and TP53.

Panel pour le cancer héréditaire du pancréas

12

ATM, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, EPCAM (CNV only), MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, STK11, and TP53.

Variants BRCA1/BRCA2 chez les Juifs Ashkénazes

2

BRCA1 c.68_69delAG, BRCA1 c.5266dupC, and BRCA2 c.5946delT

Liste des variants analysés en dehors des régions codantes

 

Liste des variants analysés en dehors des régions codantes
Gène Variant Transcrit

ATM

c.2639-384A>G, c.2839-579_2839-576del, c.5763-1050A>G 

NM_000051.3

BRCA1

c.442-22_442-13del, c.5333-36_5333-22del

NM_007294.3

BRCA2

c.-39-1_-39del

NM_000059.3

CDKN2A

c.458-105A>G

NM_000077.4

MLH1

c.-42C>T, c.-27C>A 

NM_000249.3

MSH2

c.212-478T>G, c.-82G>C

NM_000251.2

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par la Clinique de Génétique du CHEO, un site affilié, ou un médecin de l'Hôpital d'Ottawa autorisé à commander des tests génétiques pour le cancer héréditaire, sans passer par les services de génétique, sont acceptés.

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient. Veuillez indiquer clairement la date de naissance et le numéro MRN/OHIP/RAMQ du patient pour qui le dépistage de variant familial est demandé sur la copie du rapport de l’individu porteur du variant.

Panels disponibles

  1. Panel des variants BRCA1/BRCA2 chez les Juifs Ashkénazes (3 variants)
  2. Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate (19 gènes)
  3. Panel pour le cancer héréditaire du pancréas (12 gènes)
  4. Dépistage de variant familial (analyse ciblée de variants)

Détails de l’analyse

Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate :

L'ADN génomique est enrichi pour les régions ciblées à l'aide de sondes de capture conçues sur mesure (KAPA HyperChoice) et d'un protocole basé sur l'hybridation (KAPA HyperPlus Custom Library, KAPA Biosystems-Roche), suivi d'un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur une plateforme MiSeq (Illumina). L'alignement des séquences et l'appel des variants nucléotidiques simples (SNVs) et des petites insertions/délétions (indels) sont effectués à l'aide du logiciel NextGENe (analyse SNP/INDEL, SoftGenetics). Les SNVs et les indels dans les exons codants ainsi que dans les 20 paires de bases (pb) immédiatement adjacentes à chaque exon sont analysés. Certains variants pathogènes ou probablement pathogènes connus en dehors de ces régions sont également inclus dans l'analyse (pour une liste complète, veuillez contacter notre laboratoire). Les délétions et duplications exoniques dans tous les gènes ciblés (sauf PMS2) sont détectées à l'aide d'un algorithme développé par laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour l'analyse des variants du nombre de copies (CNVs) (PMID 27376475). L'amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA) est effectuée pour l'analyse des CNVs pour PMS2. Toutes les variants rapportés sont confirmés par une deuxième technologie, incluant le séquençage Sanger, MLPA, réaction de polymérase (PCR) de longue portée, ou PCR quantitatif (qPCR). Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytiques de >99 % pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques ; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme. Les gènes et exons suivants sont sujets à un mauvais alignement en raison de la présence de régions hautement homologues dans le génome et présentent donc un risque accru de résultats erronés : exon 28 d'ATM, exons 11-15 de CHEK2, exon 9 de PTEN et exons 1-5, 9, 11-15 de PMS2 (PMID 27228465). La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS). L'interprétation et la classification des variants sont basées sur les directives publiées (PMID 25741868). Seuls les variants pathogènes, probablement pathogènes et de signification clinique incertaine sont rapportés.

Les transcrits suivants sont utilisés dans l’analyse : ATM (NM_000051.3), BARD1 (NM_000465.2), BRCA1 (NM_007294.3), BRCA2 (NM_000059.3), BRIP1 (NM_032043.2), CDH1 (NM_004360.3), CHEK2 (NM_007194.3), EPCAM (NM_002354.2) (CNV uniquement), HOXB13 (NM_006361.5) (variante unique : c.251G>A, p.(Gly84Glu)), MLH1 (NM_000249.3), MSH2 (NM_000251.2), MSH6 (NM_000179.2), PALB2 (NM_024675.3), PMS2 (NM_000535.5), PTEN (NM_000314.4), RAD51C (NM_058216.1), RAD51D (NM_002878.3), STK11 (NM_000455.4), et TP53 (NM_000546.5).

Panel pour le cancer héréditaire du pancréas :

L'ADN génomique est enrichi pour les régions ciblées à l'aide de sondes de capture conçues sur mesure (KAPA HyperChoice) et d'un protocole basé sur l'hybridation (KAPA HyperPlus Custom Library, KAPA Biosystems-Roche), suivi d'un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur une plateforme MiSeq (Illumina). L'alignement des séquences et l'appel des variants nucléotidiques simples (SNVs) et des petites insertions/délétions (indels) sont effectués à l'aide du logiciel NextGENe (analyse SNP/INDEL, SoftGenetics). Les SNVs et les indels dans les exons codants ainsi que dans les 20 paires de bases (pb) immédiatement adjacentes à chaque exon sont analysés. Certains variants pathogènes ou probablement pathogènes connus en dehors de ces régions sont également inclus dans l'analyse (pour une liste complète, veuillez contacter notre laboratoire). Les délétions et duplications exoniques dans tous les gènes ciblés (sauf PMS2) sont détectées à l'aide d'un algorithme développé par le laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour l'analyse des variants du nombre de copies (CNVs) (PMID 27376475). L'amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA) est effectuée pour l'analyse des CNVs pour PMS2.  Toutes les variants rapportés sont confirmés par une deuxième technologie, incluant le séquençage Sanger, MLPA, réaction de polymérase (PCR) de longue portée, ou PCR quantitatif (qPCR). Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytiques de >99 % pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques ; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme. Les gènes et exons suivants sont sujets à un mauvais alignement en raison de la présence de régions hautement homologues dans le génome et présentent donc un risque accru de résultats erronés : exon 28 d'ATM et exons 1-5, 9, 11-15 de PMS2 (PMID 27228465). La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS). L'interprétation et la classification des variants sont basées sur les directives publiées (PMID 25741868). Seuls les variants pathogènes, probablement pathogènes et de signification clinique incertaine sont rapportés.

Les transcrits suivants sont utilisés dans l'analyse et le rapport : ATM (NM_000051.3), BRCA1 (NM_007294.3), BRCA2 (NM_000059.3), CDKN2A (NM_000077.4), EPCAM (NM_002354.2)*, MLH1 (NM_000249.3), MSH2 (NM_000251.2), MSH6 (NM_000179.2), PALB2 (NM_024675.3), PMS2 (NM_000535.5), STK11 (NM_000455.4), et TP53 (NM_000546.5). *Analyse de CNVs uniquement

Panel des variants BRCA1/BRCA2 chez les Juifs Ashkénazes :

Les résultats sont basés sur l'analyse de séquence de l'exon 2 de BRCA1 pour détecter le variant c.68_69delAG (précédemment 185delAG) et le variant c.5266dupC (précédemment 5382insC) dans le gène BRCA1, ainsi que l'analyse de séquence de BRCA2 pour détecter le variant c.5946delT (précédemment 6174delT) dans le gène BRCA2. Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d’un variant pathogène dans les gènes BRCA1 ou BRCA2 ou dans un autre gène de susceptibilité au cancer du sein. La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS), l'assemblage du génome de référence humain GRCh37 (hg19), et les numéros d'accession nucléotidique suivants : BRCA1 (NM_007294.3) et BRCA2 (NM_000059.3). Les variants de signification clinique improbable ne sont pas inclus dans ce rapport mais sont disponibles sur demande.

Limites du test

Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytique de >99% pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. En raison de la forte homologie de séquence entre les exons 12-15 du gène PMS2 et son pseudogène PMS2CL, ces régions présentent un risque accru de résultats faux positifs et faux négatifs. Bien que notre analyse CNVs utilisant des données NGS détecte la plupart des délétions et duplications, certaines régions peuvent ne pas être détectées avec précision en raison de la paralogie de séquence (par exemple, pseudogènes, duplications segmentaires). Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme.

Délai pour obtenir les résultats

Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate et panel pour le cancer héréditaire du pancréas :

  • Prioritaire : 4 semaines
  • Routine : 8 semaines

Dépistage de variant familial/panel des variants chez les Juifs Ashkénazes : 4 semaines

Informations

Analyse disponible: Prénatal, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal:

Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20 mg
Cellules en culture : 2x flacon T25

ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par les services de Génétique ou Cardiologie du CHEO sont acceptés.

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Tests prénataux: Veuillez contacter à l’avance le laboratoire. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Contenu en gènes

Contenu en gènes
Panel Nombre de gènes Gènes inclus

Cardiomyopathie adulte

81

ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CAV3, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, GAA, GATA4, GLA, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KLHL24, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MIB1, MRAS, MT-TI, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS2, RYR2, SCN5A, SHOC2, SOS1, SOS2, TAFAZZIN, TBX5, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRIM63, TTN, TTR, VCL

Cardiomyopathie pédiatrique

100

ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, AGL, ALMS1, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CAV3, CBL, CPT2, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, KLHL24, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, MT-TI, GAA, GATA4, GLA, HADHA, HADHB, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MIB1, MRAS, MTO1, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NF1, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPA2, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS, RRAS2, RYR2, SCN5A, SGCD, SHOC2, SLC22A5, SLC25A20, SLC25A4, SOS1, SOS2, SPRED2, TAB2, TAFAZZIN, TBX20, TBX5, TCAP, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRIM63, TTN, TTR, VCL

Cardiomyopathie adulte and arythmie

96

ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, GAA, GATA4, GLA, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, KLHL24, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MIB1, MRAS, MT-TI, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPA2, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS2, RYR2, SCN5A, SHOC2, SLC22A5, SLC4A3, SOS1, SOS2, TAFAZZIN, TBX5, TECRL, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRDN, TRIM63, TRPM4, TTN, TTR, VCL 

Cardiomyopathie pédiatrique et arythmie

113

ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, AGL, ALMS1, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CBL, CPT2, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, KLHL24, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, MT-TI, GAA, GATA4, GLA, HADHA, HADHB, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MIB1, MRAS, MTO1, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NF1, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPA2, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS, RRAS2, RYR2, SCN5A, SGCD, SHOC2, SLC22A5, SLC25A20, SLC25A4, SLC4A3, SOS1, SOS2, SPRED2, TAB2, TAFAZZIN, TBX20, TBX5, TCAP, TECRL, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRDN, TRIM63, TRPM4, TTN, TTR, VCL

Liste des variants analysés en dehors des régions codantes

Liste des variants analysés en dehors des régions codantes
Gène Variant Transcrit

ABCC9

c.4512+746_4512+747insT

NM_020297.4

ACADVL

c.62+21_62+28del, c.1183-15A>G 

NM_000018.4 

AGL

c.1736-11A>G, c.4260-12A>G

NM_000642.3

ALPK3

c.-25dup

NM_020778.5

CACNA1

c.1114-316G>A, c.1114-313G>A, c.1114-307A>G, c.1114-304G>C, c.1114-304G>A, c.3946-43del

NM_000719.7

DES

c.1289-741G>A

NM_001927.4

DMD

c.9974+175T>A, c.9563+1215A>G, c.9362-1215A>G, c.9225-285A>G, c.9225-647A>G, c.8217+32103G>T, c.8217+18052A>G, c.6614+3310G>T, c.6291-13537A>G, c.5448+67A>G, c.5155-719_5155-31del, c.4675-11A>G, c.4072-267del, c.3603+2053G>C, c.3603+820G>T, c.3432+2036A>G, c.2292+1024G>T, c.1812+601A>G, c.961-5831C>T, c.832-15A>G, c.832-186T>G, c.650-39498A>G, c.265-463A>G, c.31+36947G>A

NM_004006.3

DYSF

c.1577-1692G>A, c.1577-1655C>G, c.1577-1651delinsAA, c.1577-1649G>A, c.3497-33A>G, c.5003+1249G>T, c.5785-824C>T

NM_001130987.2

FHL1

c.737-479G>A

NM_001159699.2

FKTN

c.165+1427A>G, c.648-1243G>T, c.5374_5846del

NM_001308093.3

GAA

c.-32-17_-32-10delins
TCCCTGCTGAGCCTCCTACAGGCCTCCCGC, c.-32-13T>G, c.-32-3C>A, c.-32-2A>G, c.-32-1G>C, c.1076-22T>G, c.2647-20T>G

NM_000152.5

GATA4

c.913-55T>C

NM_000238.4

GLA

c.640-801G>A, c.640-814T>C, c.640-859C>T

NM_000169.3

HADHB

c.442+663A>G, c.811+82A>G

NM_000183.3

HRAS

c.450+132_450+141del

NM_007078.3

KCNH2

c.2399-28del, c.1128+1820_1128+1821del, c.1128+1810C>T

NM_006073.4 

KCNQ1

c.386+16231G>A, c.1514+37364_1514+38744del 

NM_000218.3

KRAS

c.451-5610C>T, c.451-5642A>T, c.451-5642A>C

NM_004985.5

LDB3

c.690-4733G>A, c.690-4678C>T

NM_001079802.2

LMNA

c.640-10A>G, c.937-22_937-10del, c.937-11C>G, c.1157+23_1158-45del, c.1609-12T>G, c.1711_1712delinsTC, c.1698+13C>A

NM_170707.3

LZTR1

c.-38T>A, c.264-13G>A, c.1943-256C>T, c.2220-17C>A

NM_006767.4

MYBPC3

c.3628-41_3628-17del, c.3331-26T>G, c.2905+445_2905+448del, c.2309-26A>G, c.1927+600C>T, c.1227-13G>A, c.1224-19G>A, c.1224-52G>A, c.1224-80G>A, c.1090+453C>T, c.906-36G>A

NM_000256.3

MYH7

c.5158-16C>G

NM_000257.4

MYO6

c.2417-1758T>G

NM_004387.4 

NKX2-5

c.335-204del

NM_003060.4

PKP2

c.1379-2045_1379-1738del, c.1379-1976G>A, c.1379-1992C>T, c.1379-1998C>T, c.1379-2047_1379-2043del, c.1379-2075_1379-2074dup, c.1379-2091A>T 

NM_001005242.3

SCN5A

c.612-189C>T, c.612-229T>G, c.612-233G>C

NM_001267550.2

SLC22A

c.-149G>A, c.394-141T>C, c.394-16T>A, c.825-52G>A

NM_000335.5

TAFAZZI

c.284+28G>A, c.284+110G>A

NM_000116.5

TBX5

c.664-342G>T

NM_181486.4

TRDN

c.484+1189G>A, c.22+29A>G

NM_004999.4

TTN

c.39974-11T>G, c.-272G>A, c.-272G>C, c.60+18227_60+18228ins
GGGCATGAACAACAGAAACTACCTGCTGCCACCTTGGCTTTA, c.61-7486G>T, c.205-19T>A, c.288+1137C>T, c.587-15_587-14del, c.587-14T>A, c.655-12_655-9del, c.731-14T>G, c.888+789A>G, c.889-21C>A, c.1063-14T>A, c.1063-13G>A, c.1260+1604A>G, c.1261-21T>G, c.1261-19G>A, c.1261-13T>A, c.1393-1555C>G, c.1393-592A>G, c.1527+1159C>T, c.1642-449A>G, c.1642-10A>G, c.1721+21dup, c.1721+542A>G, c.1722-26T>C, c.1722-20_1722-17del, c.1722-11T>A, c.1722-11T>G, c.1846-569A>C, c.2002-14C>G, c.2002-10T>A, c.2252-13T>A, c.2410-18C>G, c.2410-16A>G, c.2410-15A>G, c.2410-14A>G, c.2410-13A>G, c.2410-12T>G, c.2991-11del, c.2991-11T>G, c.3114-11C>G, c.3198-314G>A, c.3871-13T>A, c.3974+260T>G, c.3975-11T>G, c.4110+945A>G, c.4578-21T>C, c.4578-20_4578-18del, c.4578-19A>G, c.4836-10T>G, c.5269-38A>G, c.5269-19C>A, c.5269-14C>G, c.5812+332A>G, c.5813-184_5813-178dup, c.5813-177A>C, c.5813-12_5813-9del, c.6148-16T>G, c.6148-13T>A, c.6428-11T>G, c.6642+18A>G, c.6642+31T>G, c.6705-17G>A, c.6820-10T>G, c.7063-10T>G, c.7190-20T>A, c.7190-12T>A, c.7458-17T>G, c.7870-24_7870-19delinsTTTTAG, c.7971-321C>G

Détails de l’analyse

Les résultats de l'ADN sont obtenus par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (Twist Biosciences), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument NextSeq 1000/2000. L'analyse primaire et secondaire est effectuée à l'aide de la plateforme Bio-IT DRAGEN d'Illumina. Le séquençage Sanger est réalisé pour les régions d'intérêt qui ne sont pas capturées ou qui ont une couverture insuffisante (<20X). Le logiciel Emedgene (Illumina) est utilisé pour l'analyse tertiaire, qui se concentre sur les exons codant pour les protéines, les frontières exon-intron et les variants introniques spécifiques. Les variants qui ne répondent pas aux critères de qualité internes sont confirmés par une méthode orthogonale (séquençage Sanger, qPCR ou MLPA). Les variants de séquence sont rapportés selon les directives de la Human Genome Variation Society (HGVS). Les variants du nombre de copies (CNV) sont rapportés en fonction des coordonnées chromosomiques approximatives, avec des points de rupture précis pouvant différer. Les SNV et CNV sont classés selon les directives ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), le groupe de travail sur l'interprétation des variants de séquence de Clinical Genome Resource (ClinGen) et/ou les directives spécifiques du CHEO. Pour toute question concernant la couverture spécifique des gènes, la méthodologie ou l'interprétation, veuillez contacter directement le laboratoire.

Limites du test

Le test a une sensibilité de >99,9% pour les variants nucléotidiques simples (SNV) et les petits indels (<15 pb), et de >95% pour les délétions et duplications de plus d'un exon. Les indels plus grands (de 15 pb jusqu'à la taille d'un exon complet) et les CNV d'un seul exon sont détectés avec une sensibilité réduite.

Ce test détecte des changements génétiques dans les gènes/loci testés, selon la compréhension actuelle de la condition. Un résultat normal n'exclut pas une condition génétique, car certaines anomalies de l'ADN ne peuvent pas être détectées avec cette technologie. Les résultats des tests doivent être interprétés dans le contexte des observations cliniques, des antécédents familiaux et d'autres données pertinentes. Des résultats inexacts peuvent survenir si la qualité de l'ADN est sous-optimale ou si l'ADN est extrait par un autre laboratoire. Le test a une capacité limitée à détecter certains variants, tels que le mosaïcisme de bas niveau des SNV (<15% de fréquence allélique variante) et des CNV, une faible hétéroplasmie dans l'ADNmt, ainsi que les variants dans les régions génomiques de haute complexité. Il ne peut pas détecter les variants de structure, les CNV sur les chromosomes affectés par des aneuploïdies ou des grandes délétions/duplications, les variants affectant les exons 174-196 de TTN, ou les CNV dans MT-TI.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire : 2 semaines

Routine : 8 semaines

Dépistage de variant familial : 4 semaines

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine

Échantillon requis

Sang: tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les inversions ou les translocations impliquant le locus CBFB en 16q22 sont observées dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM) et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) en utilisant une sonde commerciale sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)
Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus CCND1 (BCL1) en 11q13.3 sont observés dans le lymphome à cellules du manteau ainsi que dans d’autres néoplasies lymphoprolifératives. Les remaniements impliquant le locus CCND1 (BCL1) sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) en utilisant une sonde commerciale sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

L’aneuploïdie des chromosomes 4 et/ou 10 est observée dans la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B) pédiatrique. L’aneuploïdie des chromosomes 4 et/10 est détectable par hybridation in situ en fluorescence (FISH) en utilisant des sondes commerciales sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques.

Délai pour obtenir les résultats

Priorité: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Oncologie: Prioritaire, Routine
Constitutionnel: Prénatal, Prioritaire, Routine

Ce test n’est pas disponible pour les produits de conception (POCs), les décès fœtaux intra-utérin (IUFDs), et les mortinaissances.

Échantillon requis

Sang: Tube hépariné au sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: tube hépariné au sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)
Prénatal: cliquez ici pour plus de détails
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Tissu (EXCLUANT les produits de conception (POC), les décès fœtaux intra-utérin (IUFD), et les mortinaissances):
3-4 mm de tissu frais (peau ou biopsie) dans un contenant stérile avec du milieu de culture stérile

Tissus postnataux, ganglions lymphatiques et biopsies de tissus tumoraux: Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique). Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.

Détails de l’analyse

L’analyse cytogénétique conventionnelle, communément appelée analyse chromosomique ou caryotype, permet de détecter des anomalies chromosomiques de nombre et/ou de structure. Ce type d’analyse requiert l’obtention d’un échantillon stérile qui contient des cellules viables pouvant entrer en division mitotique. Ce test est approprié, en autres, pour des indications cliniques telles que:

  • La présence d’anomalies congénitales pouvant être causées par l’une des aneuploïdies chromosomiques fréquentes ou un large remaniement chromosomique*
  • La détection des anomalies chromosomiques acquises observées dans certaines néoplasies
  • Les désordres du développement sexuel
  • L’infertilité
  • Une grossesse môlaire (môle hydatiforme)
  • Le diagnostic prénatal pour:
    • Âge maternel avancé au moment de l’accouchement:
      • Grossesse mono-fœtale: ≥40 ans
      • Grossesse gémellaire ou multiple: ≥35 ans
    • Dépistage prénatal positif (biochimique ou NIPT)
    • Anomalies fœtales à l’échographie
    • Antécédents familiaux d’anomalie(s) chromosomique(s)
  • Les pertes récurrentes de grossesses (minimum de trois fausses-couches); des échantillons des deux partenaires sont requis
  • Le dépistage d’anomalie(s) chromosomique(s) familiale(s)

Notez que l’analyse par micropuce à ADN est recommandée comme test de première ligne dans le cas de déficit intellectuel, retard de développement, désordre du spectre de l’autisme, et/ou anomalies congénitales qui ne sont PAS suggestives de l’une des aneuploïdies chromosomiques fréquentes ou de mosaïcisme.

Pour de plus amples informations quant aux autres indications cliniques pour lesquelles l’analyse chromosomique pourrait être appropriée, veuillez contacter l’un de nos conseillers en génétique de laboratoire.

Limites du test

La détection des anomalies chromosomiques sur des préparations de cellules en métaphase à l’aide des méthodes traditionnelles de marquage des bandes chromosomiques est restreinte à l’identification des anomalies qui sont visibles lors de l’analyse des lames sous le microscope optique avec huile à immersion (grossissement d’environ 1000x), selon des lignes directrices reconnues pour la préparation et l’analyse des spécimens qui sont spécifiques à l’indication clinique et au type d’échantillon. La taille minimale des remaniements chromosomiques de structure pouvant être détectés est généralement d’environ 10 Mb pour les échantillons post-natals, et peut varier selon la nature des échantillons. L’analyse chromosomique ne peut pas détecter les autres types d’anomalies génétiques, telles que les altérations moléculaires, les variations de séquence, la disomie uniparentale et les remaniements subtélomériques; de plus, l’évaluation du mosaïcisme est spécifique à chaque tissu et est limitée.

Disponibilité approximative des résultats

Prénatal

  • Liquide amniotique: 14 jours
  • Villosités choriales (CVS): 21 jours
  • Sang de cordon: 7 jours

Post-natal

  • Nouveau-né: 7 jours
  • Parents d’un fœtus avec caryotype anormal ou couple dont la partenaire est enceinte: 7-14 jours (selon la gestation)
  • Routine: 28 jours

Oncologie

  • Leucémie aiguë lymphoblastique ou myéloïde, échantillon diagnostique (LAL, LAM): 14 jours
  • Autres indications: 21 jours

Requête

Analyse disponible: Prénatal, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)

Adulte: 2 x 6 mL

Enfant: 2 x 3 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal:

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20 mg

Cellules en culture: 2x flacon T25

ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par les services de Génétique, Cardiologie ou Néonatalogie du CHEO sont acceptés.

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Tests prénataux: Veuillez contacter à l’avance le laboratoire. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Contenu en gènes

Gènes inclus
Panel Nombre de gènes Gènes inclus

CPVT 

8

CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, KCNJ2, RYR2, TECRL, TRDN (including c.484+1189G>A, c.22+29A>G for transcript: NM_004999.4)

Détails de l’analyse

Les résultats de l'ADN sont obtenus par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (Twist Biosciences), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument NextSeq 1000/2000. L'analyse primaire et secondaire est effectuée à l'aide de la plateforme Bio-IT DRAGEN d'Illumina. Le séquençage Sanger est réalisé pour les régions d'intérêt qui ne sont pas capturées ou qui ont une couverture insuffisante (<20X). Le logiciel Emedgene (Illumina) est utilisé pour l'analyse tertiaire, qui se concentre sur les exons codant pour les protéines, les frontières exon-intron et les variants introniques spécifiques. Les variants qui ne répondent pas aux critères de qualité internes sont confirmés par une méthode orthogonale (séquençage Sanger, qPCR ou MLPA). Les variants de séquence sont rapportés selon les directives de la Human Genome Variation Society (HGVS). Les variants du nombre de copies (CNV) sont rapportés en fonction des coordonnées chromosomiques approximatives, avec des points de rupture précis pouvant différer. Les SNV et CNV sont classés selon les directives ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), le groupe de travail sur l'interprétation des variants de séquence de Clinical Genome Resource (ClinGen) et/ou les directives spécifiques du CHEO. Pour toute question concernant la couverture spécifique des gènes, la méthodologie ou l'interprétation, veuillez contacter directement le laboratoire.

Limites du test

Le test a une sensibilité de >99,9% pour les variants nucléotidiques simples (SNV) et les petits indels (<15 pb), et de >95% pour les délétions et duplications de plus d'un exon. Les indels plus grands (de 15 pb jusqu'à la taille d'un exon complet) et les CNV d'un seul exon sont détectés avec une sensibilité réduite.

Ce test détecte des changements génétiques dans les gènes/loci testés, selon la compréhension actuelle de la condition. Un résultat normal n'exclut pas une condition génétique, car certaines anomalies de l'ADN ne peuvent pas être détectées avec cette technologie. Les résultats des tests doivent être interprétés dans le contexte des observations cliniques, des antécédents familiaux et d'autres données pertinentes. Des résultats inexacts peuvent survenir si la qualité de l'ADN est sous-optimale ou si l'ADN est extrait par un autre laboratoire. Le test a une capacité limitée à détecter certains variants, tels que le mosaïcisme de bas niveau des SNV (<15% de fréquence allélique variante) et des CNV, une faible hétéroplasmie dans l'ADNmt, ainsi que les variants dans les régions génomiques de haute complexité. Il ne peut pas détecter les variants de structure, ou les CNV sur les chromosomes affectés par des aneuploïdies ou des grandes délétions/duplications.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire : 2 semaines

Routine : 8 semaines

Dépistage de variant familial : 4 semaines

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis:

Sang: tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Prénatal: cliquez ici pour plus de détails
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome du Cri du Chat ont une délétion du bras court du chromosome 5 dans la région 5p11.2. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Ce test détecte également les délétions impliquant la région 5p15.31.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les délétions ou les translocations impliquant le locus CRLF2 en Xp22.33/Yp11.32 sont observées dans la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B) et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) en utilisant des sondes commerciales sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

D

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

La monosomie du chromosome 7 ou les délétions de son bras long (délétion 7q) sont observés dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM), le syndrome myélodysplasique (SMD) ou les syndromes d’insuffisance médullaire héritée. La monosomie 7 ou les délétions 7q sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales ciblant le centromère du chromosome 7 ainsi que le locus D7S486 en 7q31. Par ailleurs, les isochromosomes 7q qui sont parfois observés dans les syndromes d’insuffisance médullaire héritée peuvent également être détectés à l’aide de ces sondes. À la demande du médecin référant, une sonde commerciale ciblant le centromère du chromosome 8 peut également être incluse afin de détecter la trisomie 8.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Prénatal: plus d'information pour le transport des échantillons ici.
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de DiGeorge/vélo-cardio-facial ont une délétion du bras long du chromosome 22 dans la région 22q11.21 qui inclut le gène HIRA (TUPLE1). Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Limites du test

Ce test ne peut pas détecter les délétions qui n’incluent pas le gène HIRA (TUPLE1), c’est-à-dire les délétions distales ou impliquant la région “B-D”, qui sont rapportées chez moins de 10% des patients.

Délai pour obtenir les résultats

Prenatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

E

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

La monosomie du chromosome 5 ou les délétions de son bras long (délétion 5q) sont observées dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM), le syndrome myélodysplasique (SMD) ou les syndromes d’insuffisance médullaire héritée. La monosomie 5 ou les délétions 5q sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale ciblant le locus EGR1 en 5q31 ainsi qu’un locus contrôle sur le bras court du chromosome 5.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Le gène de fusion ETV6::RUNX1 résultant de la translocation t(12;21)(p13;q22) est observé dans la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B) pédiatrique et est détectable par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Par ailleurs, les délétions du bras court du chromosome 12 en 12p13, la trisomie 21 ou l’amplification du gène RUNX1 [“iAMP21”] qui sont parfois observées dans les LAL-B pédiatriques peuvent également être détectées à l’aide de ces sondes.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)
Tissu:
Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.
Sections de tissus congelés ou fixés à la formaline et enrobés de paraffine (FFPE): Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus EWSR1 en 22q12 sont observés dans le sarcome d’Ewing ainsi que d’autres tumeurs de la même famille, et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

F

Analyse disponible: Routine seulement.

Échantillon requis

Type d'échantillon : Sang périphérique UNIQUEMENT
Milieu de prélèvement : Tube EDTA (bouchon violet)

Minimum :

  • Adulte : 2 x 6 mL
  • Enfant ou nourrisson : 2 x 3 mL

Critères d'acceptation :

  • Sang prélevé dans un tube EDTA, reçu dans les 5 jours suivant le prélèvement et conservé/expédié à environ 4°C

OU

  • Sang prélevé dans un tube EDTA, reçu dans les 3 jours suivant le prélèvement et conservé/expédié à température ambiante. REMARQUE : il est préférable de recevoir les échantillons du lundi au jeudi si possible. Si un envoi est nécessaire, il est recommandé de prélever l'échantillon le lundi ou le mardi et de l'envoyer le jour même afin d'assurer une livraison rapide.

Les échantillons suivants ne seront PAS acceptés :

ADN, sang de cordon ombilical, échantillons de sang congelés, échantillons de sang prélevés dans un tube/récipient inadéquat, échantillons de sang dans un tube EDTA qui ne répondent pas aux critères d'acceptation ci-dessus, ou pour lesquels il manque des informations pertinentes en lien avec le prélèvement.

Détails de l’analyse

La dystrophie musculaire facio-scapulo-humérale de type 1 (FSHD1) est une forme autosomique dominante de dystrophie musculaire, causée par une contraction pathogène des répétitions D4Z4 dans la région subtélomérique du chromosome 4q35, sur un haplotype permissif du chromosome 4 (4qA). Les allèles normaux sont des ensembles de répétitions D4Z4 avec ≥12 unités, ou avec n’importe quel nombre d'unités de répétition sur un haplotype non permissif (4qB). Les allèles à pénétrance incomplète possèdent 10 ou 11 unités de répétition D4Z4 en présence de 4qA. Les allèles à pénétrance complète ont entre 1 et 9 unités de répétition D4Z4 en présence de 4qA. L'ADN de haut poids moléculaire est extrait et marqué par fluorescence (SP Blood & Cell Culture DNA Isolation and DLS DNA Labeling kit, Bionano Genomics). La cartographie optique du génome (OGM) de l'ADN marqué est réalisée sur le système Saphyr (Bionano). Le pipeline d'analyse FSHD EnFocus (Bionano) est utilisé pour quantifier les répétitions D4Z4 sur les chromosomes 4 et 10, ainsi que pour attribuer les haplotypes permissifs ou non permissifs. La quantification du nombre d'unités de répétition a une précision d'environ +/- 1 unité. Des variations du nombre de copies (CNVs) à proximité du gène SMCHD1 sur le chromosome 18 peuvent également être détectées et rapportées.

Limites du test

La sensibilité analytique de ce test pour quantifier les ensembles de répétitions D4Z4 pathogènes et attribuer les haplotypes est d'environ 100 %. Cependant, pour les ensembles de répétitions de très grande taille (typiquement >50 unités), il se peut qu'il n'y ait pas de molécules suffisamment grandes pour couvrir la totalité de la séquence D4Z4 et la région distale de l'haplotype. Par conséquent, ces grands ensembles de répétitions peuvent ne pas être détectées, ou une estimation de leur taille minimale peut être rapportée, et l'haplotype est indiqué comme inconnu. Ce test peut identifier environ 95 % des personnes atteintes de FSHD causée par une contraction pathogène des répétitions D4Z4 en 4q35. Un résultat négatif n'exclut pas un diagnostic de FSHD, car il est possible qu'un variant pathogène dans SMCHD1 soit présent en même temps qu'un haplotype 4qA permissif. De rares événements, tels que la translocation de séquences pathogéniques du chromosome 4 au chromosome 10 (PMID 33436523, 20724583), peuvent entraîner un résultat faux négatif.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 8 semaines

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Tissu:
Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.

Sections de tissus congelés ou fixés à la formaline et enrobés de paraffine (FFPE): Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus FOXO1 (FKHR) en 13q14 sont observés dans le rhabdomyosarcome alvéolaire, et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible: Prénatal, Routine

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Ce test est disponible dans les cas d’antécédents familiaux positifs. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal
Liquide amniotique: 1x 20mL
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 4-40ng (2ul, concentration de 2-20ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse des trinucléotides CGG par réaction de polymérase en chaîne (PCR) à l’aide de la trousse FRAX (Assuragen); dans certains cas, une analyse par transfert de Southern est aussi effectuée afin de déterminer le nombre de répétitions de trinucléotides CGG.

Limites du test

Il est estimé que >99% des individus avec le syndrome du X fragile ont une expansion de trinucléotides CGG dans la région 5' non traduite du gène FMR1; les autres patients ont une délétion ou un variant de séquence dans le gène FMR1. Ainsi, un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de syndrome de l’X fragile.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Nouveau-né: 14 jours
Routine: 6 semaines

Requête (en anglais seulement

Analyse disponible: Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte seulement: 2 x 6 mL
ADN: 4-40ng/ul (2ul, concentration de 2-20ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de trinucléotides CGG par réaction de polymérase en chaîne (PCR) à l’aide de la trousse FRAX (Assuragen); dans certains cas, une analyse par transfert de Southern est aussi effectuée afin de déterminer le nombre de répétitions de trinucléotides CGG.

Limites du test

Ce test est recommandé pour les individus montrant des symptômes du syndrome de tremblement/ataxie associé à l'X fragile, et/ou qui ont des antécédents familiaux de troubles reliés au gène FMR1. La pénétrance est incomplète, et certains individus porteurs d’une prémutation ne développeront pas de symptômes de tremblement/ataxie associé à l'X fragile.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 6 semaines

Requête

Analyse disponible: Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte seulement: 2 x 6 mL
ADN: 100ng (concentration minimale 50ng/ul)

Détails de l’analyse

Amplification par PCR de la répétition CGG à l’aide du kit FRAX d’Asuragen. Dans certains cas, une analyse par Southern blot est utilisée pour déterminer le nombre de répétitions CGG.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 6 weeks

Requête

H

Analyse disponible: Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte seulement: 2 x 6mL
ADN: >200ng/ul

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse du gène HFE par réaction de polymérase en chaîne (PCR) , suivi d’une digestion avec des enzymes de restriction spécifiques pour détecter les variants p.Cys282Tyr et p.His63Asp.

Limites du test

Approximativement 88% des cas d’hémochromatose héréditaire sont causés par les variants détectés par ce test (voir les Détails de l’analyse ci-dessus). Puisque qu’environ 7% des individus n’ont aucun de ces variants, un résultat négatif n’exclut pas un diagnostic d’hémochromatose héréditaire.

Turnaround time

Routine: 6 semaines

Requête et plus d'informations

Analyse disponible: Prénatal*, Routine.

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles. Veuillez contacter le laboratoire afin de vérifier s’il est nécessaire d’acheminer un échantillon contrôle positif pour les tests prénataux.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 1x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal (dépistage de variant familial seulement)
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 100ng (5ul, concentration de 20ng/ul)
Ces exigences sont celles du panel complet de gènes; veuillez contacter le laboratoire pour les exigences reliées à toute autre analyse plus spécifique.

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par les cliniques de cardiologie ou de génétique sont acceptés.
Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Genes/variants included
Panel Number of genes Genes included

Adult HCM

45

ABCC9, ACTC1, ACTN2, ALPK3, BRAF, CACNA1C, CSRP3, DES, FHL1, FHOD3, FLNC, GLA, HRAS, JPH2, KLHL24, KRAS, LAMP2, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MRAS, MT-TI, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NRAS, PLN, PPP1CB, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RIT1, RRAS2, SHOC2, SOS1, SOS2, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TRIM63, TTR, VCL

Pediatric HCM

56

ABCC9, ACTC1, ACTN2, AGL, ALPK3, BRAF, CACNA1C, CBL, CSRP3, DES, FHL1, FHOD3, FLNC, KLHL24, GAA, GLA, HRAS, JPH2, KRAS, LAMP2, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MRAS, MTO1, MT-TI, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NF1, NRAS, PLN, PPP1CB, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RIT1, RRAS, RRAS2, SHOC2, SLC22A5, SLC25A4, SOS1, SOS2, SPRED2, TAB2, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TRIM63, TTR, VCL 

Lists of variants outside of coding regions

List of variants outside of coding regions
Gene Variant Transcript

ABCC9

c.4512+746_4512+747insT

NM_020297.4

AGL

c.1736-11A>G, c.4260-12A>G

NM_000642.3

ALPK3

c.-25dup

NM_020778.5 

CACNA1

c.1114-316G>A, c.1114-313G>A, c.1114-307A>G, c.1114-304G>C, c.1114-304G>A, c.3946-43del

NM_000719.7

DES

c.1289-741G>A

NM_001927.4

FHL1

c.737-479G>A

NM_001159699.2

GAA

c.-32-17_-32-10delins
TCCCTGCTGAGCCTCCTACAGGCCTCCCGC, c.-32-13T>G, c.-32-3C>A, c.-32-2A>G, c.-32-1G>C, c.1076-22T>G, c.2647-20T>G

NM_000152.5

GLA

c.640-801G>A, c.640-814T>C, c.640-859C>T

NM_000169.3

HRAS

c.450+132_450+141del

NM_007078.3

KRAS

c.451-5610C>T, c.451-5642A>T, c.451-5642A>C

NM_004985.5

LZTR1

c.-38T>A, c.264-13G>A, c.1943-256C>T, c.2220-17C>A

NM_006767.4

MYBPC3

c.3628-41_3628-17del, c.3331-26T>G, c.2905+445_2905+448del, c.2309-26A>G, c.1927+600C>T, c.1227-13G>A, c.1224-19G>A, c.1224-52G>A, c.1224-80G>A, c.1090+453C>T, c.906-36G>A

NM_000256.3

MYH7

c.5158-16C>G

NM_000257.4

MYO6

c.2417-1758T>G

NM_004387.4

NF1

c.-273A>G, c.-272G>A, c.-272G>C, c.60+18227_60+18228ins
GGGCATGAACAACAGAAACTACCTGCTGCCACCTTGGCTTTA, c.61-7486G>T, c.205-19T>A, c.288+1137C>T, c.587-15_587-14del, c.587-14T>A, c.655-12_655-9del, c.731-14T>G, c.888+789A>G, c.889-21C>A, c.1063-14T>A, c.1063-13G>A, c.1260+1604A>G, c.1261-21T>G, c.1261-19G>A, c.1261-13T>A, c.1393-1555C>G, c.1393-592A>G, c.1527+1159C>T, c.1642-449A>G, c.1642-10A>G, c.1721+21dup, c.1721+542A>G, c.1722-26T>C, c.1722-20_1722-17del, c.1722-11T>A, c.1722-11T>G, c.1846-569A>C, c.2002-14C>G, c.2002-10T>A, c.2252-13T>A, c.2410-18C>G, c.2410-16A>G, c.2410-15A>G, c.2410-14A>G, c.2410-13A>G, c.2410-12T>G, c.2991-11del, c.2991-11T>G, c.3114-11C>G, c.3198-314G>A, c.3871-13T>A, c.3974+260T>G, c.3975-11T>G, c.4110+945A>G, c.4578-21T>C, c.4578-20_4578-18del, c.4578-19A>G, c.4836-10T>G, c.5269-38A>G, c.5269-19C>A, c.5269-14C>G, c.5812+332A>G, c.5813-184_5813-178dup, c.5813-177A>C, c.5813-12_5813-9del, c.6148-16T>G, c.6148-13T>A, c.6428-11T>G, c.6642+18A>G, c.6642+31T>G, c.6705-17G>A, c.6820-10T>G, c.7063-10T>G, c.7190-20T>A, c.7190-12T>A, c.7458-17T>G, c.7870-24_7870-19delinsTTTTAG, c.7971-321C>G

NM_001042492.3

SLC22A

c.-149G>A, c.394-141T>C, c.394-16T>A, c.825-52G>A

NM_000335.5

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon des gènes associés à la cardiomyopathie hypertrophique (voir les détails du panel HCM ci-dessus). Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardiomyopathy custom panel, Illumina), suivi d‘un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger. De plus, pour les gènes MYBPC3, MYH7 et TNNT2, nous utilisons également la technique d’amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA), à l’aide d’une trousse spécifique à chaque gène (P100, P418 et P196 respectivement, MRC Holland), afin de détecter de plus larges délétions ou duplications.

Limites du test

Les variants identifiés par séquençage expliquent approximativement 92% des altérations moléculaires identifiables. Un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de cardiomyopathie hypertrophique étant donné l’hétérogénéité de cette condition.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines
Dépistage de variant familial: 4 semaines

Requisition form

K

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Prénatal: cliquez ici pour plus de détails
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Kallmann ont une délétion du bras court du chromosome X dans la région Xp22.33 qui inclut le gène KAL1. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Ce test détecte les délétions impliquant le gène KAL1 ainsi que les délétions incluant le gène STS en Xp22.31.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’hépariné de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus KMT2A (MLL) en 11q23 sont observés dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM), la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B), ainsi que d’autres types rares de leucémie. Les remaniements impliquant le locus KMT2A (MLL) sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

L

Analyse disponible: Prénatal, Routine.

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles. Veuillez contacter le laboratoire afin de vérifier s’il est nécessaire d’acheminer un échantillon contrôle positif pour les tests prénataux.

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2x 6 mL

Child: 2x 3mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul)

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Panel pour le syndrome de Loeys-Dietz

Séquençage: SLC2A10, SMAD3, SMAD4, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, et TGFBR2
MLPA: TGFBR1 et TGFBR2

Genes: SLC2A10, SMAD2, SMAD3, SMAD4, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, and TGFBR2

Including MLPA of: TGFBR1 and TGFBR2

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon des gènes associés au syndrome Loeys-Dietz (voir les détails du panel ci-dessus). Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardio panel, Illumina), suivi d‘un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger. De plus, pour les gènes TGFBR1 et TGFBR2, nous utilisons également la technique d’amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA), à l’aide d’une trousse spécifique (P148, MRC Holland), afin de détecter de plus larges délétions ou duplications.

Limites du test

Ce test est basé sur nos connaissances actuelles de l’étiologie génétique de cette condition, et est spécifiquement conçu pour identifier les altérations génétiques constitutionnelles affectant les gènes mentionnés ci-dessus (voir les Détails de l’analyse pour plus d’informations). Ce test détecte >99% des variants dans chacun des gènes testés.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines
Dépistage de variant familial: 4 semaines

Requête

Analyse disponible: Prénatal, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal:
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20 mg
Cellules en culture: 2x flacon T25

ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par les services de Génétique, Cardiologie ou Néonatalogie du CHEO sont acceptés.

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Tests prénataux: Veuillez contacter à l’avance le laboratoire. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Contenu en gènes

Gènes: CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, SCN5A, TECRL, TRDN

Liste des variants analysés en dehors des régions codantes

Liste des variants analysés en dehors des régions codantes
Gène Variant Transcrit

CACNA1

 

c.1114-316G>A, c.1114-313G>A, c.1114-307A>G, c.1114-304G>C, c.1114-304G>A, c.3946-43del

NM_000719.7

KCNH2

 

c.2399-28del, c.1128+1820_1128+1821del, c.1128+1810C>T

NM_006073.4

KCNQ1

 

c.386+16231G>A, c.1514+37364_1514+38744del

NM_000218.3

SCN5A

 

c.612-189C>T, c.612-229T>G, c.612-233G>C

NM_001267550.2

TRDN

 

c.484+1189G>A, c.22+29A>G

NM_004999.4

Détails de l’analyse

Les résultats de l'ADN sont obtenus par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (Twist Biosciences), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument NextSeq 1000/2000. L'analyse primaire et secondaire est effectuée à l'aide de la plateforme Bio-IT DRAGEN d'Illumina. Le séquençage Sanger est réalisé pour les régions d'intérêt qui ne sont pas capturées ou qui ont une couverture insuffisante (<20X). Le logiciel Emedgene (Illumina) est utilisé pour l'analyse tertiaire, qui se concentre sur les exons codant pour les protéines, les frontières exon-intron et les variants introniques spécifiques. Les variants qui ne répondent pas aux critères de qualité internes sont confirmés par une méthode orthogonale (séquençage Sanger, qPCR ou MLPA). Les variants de séquence sont rapportés selon les directives de la Human Genome Variation Society (HGVS). Les variants du nombre de copies (CNV) sont rapportés en fonction des coordonnées chromosomiques approximatives, avec des points de rupture précis pouvant différer. Les SNV et CNV sont classés selon les directives ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), le groupe de travail sur l'interprétation des variants de séquence de Clinical Genome Resource (ClinGen) et/ou les directives spécifiques du CHEO. Pour toute question concernant la couverture spécifique des gènes, la méthodologie ou l'interprétation, veuillez contacter directement le laboratoire.

Limites du test

Le test a une sensibilité de >99,9% pour les variants nucléotidiques simples (SNV) et les petits indels (<15 pb), et de >95% pour les délétions et duplications de plus d'un exon. Les indels plus grands (de 15 pb jusqu'à la taille d'un exon complet) et les CNV d'un seul exon sont détectés avec une sensibilité réduite.

Ce test détecte des changements génétiques dans les gènes/loci testés, selon la compréhension actuelle de la condition. Un résultat normal n'exclut pas une condition génétique, car certaines anomalies de l'ADN ne peuvent pas être détectées avec cette technologie. Les résultats des tests doivent être interprétés dans le contexte des observations cliniques, des antécédents familiaux et d'autres données pertinentes. Des résultats inexacts peuvent survenir si la qualité de l'ADN est sous-optimale ou si l'ADN est extrait par un autre laboratoire. Le test a une capacité limitée à détecter certains variants, tels que le mosaïcisme de bas niveau des SNV (<15% de fréquence allélique variante) et des CNV, une faible hétéroplasmie dans l'ADNmt, ainsi que les variants dans les régions génomiques de haute complexité. Il ne peut pas détecter les variants de structure, ou les CNV sur les chromosomes affectés par des aneuploïdies ou des grandes délétions/duplications.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire : 2 semaines

Routine : 8 semaines

Dépistage de variant familial : 4 semaines

Requête

M

Analyse disponible: Prénatal, Routine.

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles. Veuillez contacter le laboratoire afin de vérifier s’il est nécessaire d’acheminer un échantillon contrôle positif pour les tests prénataux.

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 1x 10 mL

Child: 2x 5mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul)

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Gene content

Gene: FBN1
Including MLPA of FBN1

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon du gène FBN1. Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardio sequencing kit, Illumina), suivi d‘un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger. De plus, une analyse d’amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA), à l’aide de trousses spécifiques au gène FBN1 (P065-Marfan 1 et P066-Marfan 2, MRC Holland), est effectuée afin de détecter de plus larges délétions ou duplications.

Limites du test

Ce test détecte >99% des variants dans le gène FBN1, qui représentent la cause la plus commune (70-90%) des cas de syndrome classique de Marfan. Puisque ce test ne détecte pas tous les variants cliniquement significatifs associés à cette condition, il est possible qu’un variant situé dans un autre gène que celui testé soit présent.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines
Dépiste de variant familial: 4 semaines

Requête

Analyse disponible: Prénatal.

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour tous les tests de contamination fœto-maternelle.

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult only: 1x 10 mL

DNA: 50ng (Minimum concentration 25ng/ul

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse comparative de 15 marqueurs polymorphiques de la trousse Identifiler (ABI) entre l’ADN de l’échantillon prénatal et l’ADN parental afin de déterminer si l’ADN extrait des amniocytes ou des villosités choriales (CVS) est contaminé par la présence d’ADN d’origine maternelle.

Limites du test

This assay is able to detect maternal cell contamination at levels as low as 5%.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal:14 jours

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prioritaire, Routine.
Ce test n’est pas disponible pour les échantillons prénataux.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 1x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Produits de conception- Service restreint: cliquez ici pour plus de détails
Les fœtus entiers ne sont PAS acceptés. Les produits de conception (POCs), morts fœtales in utero (IUFDs) et mortinaissances doivent OBLIGATOIREMENT être envoyés au laboratoire de pathologie, où ils seront préparés puis transférés au laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour l’analyse. Veuillez remplir une requête de pathologie EN PLUS de la requête de cytogénétique.
ADN: Veuillez contacter le laboratoire pour de plus amples informations.

Détails de l’analyse

 

L’analyse par micropuce à ADN détecte les variations du nombre de copies (CNVs) et est recommandée comme test de première ligne pour les patients avec une déficience intellectuelle, un retard de développement, un trouble du spectre de l’autisme (TSA), et/ou des anomalies congénitales qui ne sont pas suggestives de l’une des aneuploïdies chromosomiques fréquentes. Veuillez consulter la liste de questions fréquentes (FAQ) pour plus de détails. La micropuce utilisée au CHEO (CytoscanHD) contient approximativement 1,9 millions de sondes oligonucléotidiques et environ 750,000 sondes de type SNP. L’analyse des résultats est basée sur la version 19 (GRCh37/hg19) du génome humain. Les échantillons postnataux* sont analysés avec une résolution de 50kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques). Par ailleurs, les longues séquences contiguës d’homozygotie (LCSH) de 5Mb ou plus sur les autosomes sont incluses dans le rapport si elles chevauchent une région connue d'empreinte génomique, impliquent un chromosome entier ou plus d'une région sur le même chromosome, ou lorsque les LCSH représentent 5% ou plus du génome autosomal. Lorsque l’analyse par micropuce à ADN est effectuée, ces échantillons sont analysés avec une résolution de 500kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques) pour les pertes de copie et de 1000kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques) pour les gains de copie sur l’ensemble du génome; les régions de signification clinique connue ou suspectée sont analysées avec une résolution de 50kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques). Par ailleurs, les longues séquences contiguës d’homozygotie (LCSH) de 10Mb ou plus pour les échantillons provenant de mortinaissances, POCs, et IUFDs sur les autosomes sont incluses dans le rapport si elles chevauchent une région connue d’empreinte génomique, impliquent un chromosome entier ou plus d’une région sur le même chromosome, ou lorsque les LCSH représentent 5% ou plus du génome autosomal.

*Les échantillons provenant de mortinaissances, POCs, et IUFDs sont analysés par micropuce à ADN uniquement si les résultats de la détection rapide des aneuploïdies (RAD) sont normaux ou non-concluants. Lorsque l’analyse par micropuce à ADN est effectuée, ces échantillons sont analysés avec une résolution de 500kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques) pour les pertes de copie et de 1000kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques) pour les gains de copie sur l’ensemble du génome; les régions de signification clinique connue ou suspectée sont analysées avec une résolution de 50kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques). Par ailleurs, les longues séquences contiguës d'homozygotie (LCSH) de 10Mb ou plus sur les autosomes sont incluses dans le rapport si elles chevauchent une région connue d’empreinte génomique, impliquent un chromosome entier ou plus d’une région sur le même chromosome, ou lorsque les LCSH représentent 5% ou plus du génome autosomal.

Limites du test

 Les variations du nombre de copies (CNVs) qui ont une taille ou un nombre de sondes oligonucléotidiques sous les seuils mentionnés ci-dessus pourraient ne pas être détectés par cette analyse. À moins qu’ils ne soient jugés comme ayant une signification clinique pertinente, les pertes de copie hétérozygotes impliquant les gènes autosomiques récessifs (statut de porteur) ne sont pas rapportés de façon routinière; les CNVs qui ne contiennent pas de gènes codants au moment de l’émission du rapport ne sont pas non plus rapportés. L’analyse par micropuce à ADN CytoscanHD ne permet pas de détecter les réarrangements équilibrés (translocations, inversions, insertions), et n'est pas conçue pour avoir des sondes couvrant les exons de tous les gènes; l'analyse par micropuce ne peut pas détecter les variants de séquence, les anomalies de l'empreinte génomique, ou les modifications épigénétiques, ni les déséquilibres impliquant des régions qui ne sont pas représentées sur la micropuce. Ceci n’est pas un test de diagnostic pour la disomie uniparentale (UPD): cette analyse ne peut pas détecter l’hétérodisomie uniparentale, et la sensibilité de ce test pour la détection de l’isodisomie uniparentale n’a pas été validée. Ce test n’est pas conçu pour détecter le mosaïcisme de faible niveau, et la sensibilité pour détecter le mosaïcisme n’a pas été établie. L’analyse des résultats est basée sur les connaissances actuelles du génome et pourrait ne pas inclure tous les gènes reliés à un phénotype en particulier. L’analyse des résultats est basée sur les connaissances actuelles du génome et pourrait ne pas inclure tous les gènes reliés à un phénotype en particulier.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 42 jours

Requête et plus d'informations

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Pour les échantillons prénataux, seule l’analyse FISH sur chromosomes métaphasiques est offerte.

Échantillon requis

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Détails de l’analyse

L’hybridation in situ en fluorescence (FISH) est la méthode de suivi recommandée pour le dépistage génétique familial après la détection de variation(s) du nombre de copies (CNVs) par l’analyse par micropuce à ADN. L’analyse FISH sur chromosomes métaphasiques permet de détecter les remaniements de structure tels que des inversions ou des translocations qui, lorsqu’elles sont déséquilibrées, peuvent causer des variations du nombre de copies. L’analyse par FISH sur chromosomes métaphasiques est effectuée à l’aide de sondes FISH (sondes commerciales ou personnalisées BAC RP11) spécifiquement choisies selon la région d’intérêt.

Veuillez consulter la liste de questions fréquentes (FAQ) pour plus de détails.

Limites du test

L’analyse ne peut détecter que les anomalies impliquant le locus spécifiquement ciblé par la sonde FISH. L’interprétation des résultats peut être affectée par les différents patrons d’hybridation et dans certains cas, une analyse complémentaire par réaction de polymérase en chaîne quantitative (qPCR) pourrait être nécessaire pour le suivi des résultats obtenus par micropuce.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 28 jours
Routine: 56 jours

Requête

Requête (en anglais seulement).

Analyse disponible (Constitutionnel): Prioritaire, Routine
Ce test n’est pas disponible pour les échantillons prénataux.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
ADN: Veuillez contacter le laboratoire pour de plus amples informations.

Exigences spécifiques

Veuillez attacher une copie du rapport de l’analyse par micropuce à ADN qui a été effectuée chez le patient ainsi que toute autre information/analyse de laboratoire utile avec la demande de suivi par réaction de polymérase en chaîne quantitative (qPCR).

L’analyse sera initiée uniquement lorsque les échantillons de tous les membres de la famille qui sont jugés pertinents auront été reçus.

Limites du test

Ce test ne peut pas détecter les remaniements de structure, et seules les variations du nombre de copies de la région ciblée peuvent être détectées. La sensibilité et la spécificité de chacune des amorce de qPCR n’ont pas été établies, et la possibilité qu’un variant familial rare au niveau du site de liaison des amorces puisse affecter l’amplification de l’ADN de l’échantillon, altérant ainsi la quantification, ne peut être exclue. Ce test n’est pas conçu pour la détection du mosaïcisme. Il est donc recommandé de faire un suivi par hybridation in situ en fluorescence (FISH) des résultats par micropuce aussi souvent que possible.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 28 jours
Routine: 56 jours

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal: plus de détails pour le transport des échantillons.
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Miller-Dieker ont une délétion du bras court du chromosome 17 dans la région 17p13.3 qui inclut le gène PAFAH1B1 (LIS1). Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)
Tissu:
Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.
Sections de tissus congelés ou fixés à la formaline et enrobés de paraffine (FFPE): Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus MYC (C-MYC) en 8q24 sont observés dans plusieurs types de néoplasies incluant le lymphome de Burkitt ainsi que le lymphome à cellules B de haut-grade. Les remaniements impliquant le locus MYC (C-MYC) sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible: Prénatal, Nouveau-né, Routine.

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 3000 – 5000ng (minimum concentration: 200ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de trinucléotides CTG dans le gène DMPK par réaction de polymérase en chaîne (PCR) . Dans certains cas, l’analyse est suivie d’une digestion avec l’enzyme de restriction EcoRI et d’un transfert de Southern avec la sonde pGB2.2.

The CTG repeat length is assessed by PCR fragment analysis to identify alleles with less than ~100 repeats, and Southern Blot analysis (BglI digestion and probed with GeneProber GLDM4, Gene Link) to identify alleles with more than ~100 repeats. The analytical sensitivity of this assay to detect CTG repeat expansion is approximately 100%; rare polymorphisms or other technical reasons may result in a false negative result. Almost all individuals with myotonic dystrophy type 1 have a CTG trinucleotide repeat expansion; therefore, the clinical sensitivity of this assay is approximately 100%.

Limites du test

Puisqu’une petite proportion d’individus montrant des symptômes de dystrophie myotonique n’ont pas d’expansion de trinucléotides CTG, un résultat négatif n’exclut pas un diagnostic de dystrophie myotonique. Dans de tels cas, un diagnostic de dystrophie myotonique de type 2 devrait être considéré.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Nouveau-né: 14 jours
Routine: 8 semaines

Requête

Analyse disponible: Routine.

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

DNA: 300ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Peripheral blood samples must be received by the Laboratory within 7 days of being drawn to be accepted for this test.

Détails de l’analyse

La taille des allèles est déterminée par réaction de polymérase en chaîne (PCR) en utilisant des amorces de part et d’autre du motif de répétition dans le gène CNBP. Pour les échantillons où seul un allèle normal est amplifié par PCR, l’analyse est suivie d’une digestion avec l’enzyme de restriction EcoRI et d’un transfert de Southern avec une sonde synthétisée à partir d’un amplicon PCR provenant de l’intron 1 du gène CNBP.

Limites du test

Ce test détecte >99% des cas de dystrophie myotonique de type 2. Cependant, un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de dystrophie myotonique.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 6 semaines

Requête

N

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

  • Sang : Tube d'héparine de sodium (bouchon vert)
  • Adulte : 1x 10 mL
  • Nourrisson (<1 an) : 1x 3 mL
  • Moelle osseuse : 1x 1 mL (premiere aspiration)
  • Tissu:
  • Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
  • Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.

Sections de tissus congelés ou fixés à la formaline et enrobés de paraffine (FFPE): Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

L'amplification du locus NMYC (MYCN) en 2p24 est fréquemment observée dans le neuroblastome et d'autres tumeurs neuroblastiques périphériques. L'amplification impliquant le locus NMYC (MYCN) est détectable par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 2 semaines
Routine: 3 semaines

Requête

O

Analyse disponible: Routine.

Échantillon requis

  • Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
  • Adulte: 2 x 6 mL
  • Enfant: 2 x 3 mL
  • Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
  • ADN: >50ng/ul

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de trinucléotides CGG dans le gène PABPN1 par réaction de polymérase en chaîne (PCR).

Limites du test

Il a été démontré que la dystrophie musculaire oculo-pharyngée est associée à courte expansion de trinucléotides CGG dans le gène PABPN1 chez ˃ 99% des individus. Toutefois, un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de dystrophie musculaire oculo-pharyngée.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 6 semaines

Requête

P

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1 x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les délétions interstitielles en 4q12 impliquant le locus CHIC2 sont généralement associées à des remaniements du locus PDGFRA et peuvent résulter en un gène de fusion FIP1L1::PDGFRA dans les néoplasies d’origine myéloïde ou lymphoïde avec éosinophilie. Les remaniements impliquant le locus CHIC2 sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal: plus de détails pour le transport des échantillons.

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Phelan-McDermid ont une délétion du bras long du chromosome 22 dans la région 22q13.33 qui inclut le gène SHANK3. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1 x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Le gène de fusion PML::RARA, résultant de la translocation t(15;17)(q24;q21) ou de certaines variantes de cette translocation, est observé dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM) et est détectable par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 7 jours
Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible: Prioritaire (incluant prénatal), Routine.

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Ce test est disponible dans les cas d’antécédents familiaux positifs. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Sample requirements

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)

Adulte: 2 x 6 mL

Enfant: 2 x 3 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal

Liquide amniotique: 1x 20mL

Cellules en culture: 2x flacon T25

ADN: 80ng (4ul, concentration de 20ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse d’amplification multiplex par ligation de sondes, spécifique à la méthylation (MS-MLPA), qui permet la détection des copies d’origine maternelle et paternelle dans la région 15q11-q13.

Limites du test

Ce test détecte tous les cas de syndrome de Prader-Willi qui sont causés par une délétion, une disomie uniparentale (UPD) ou une anomalie de l’empreinte génomique; toutefois, il ne permet pas de faire la différence entre la disomie uniparentale et les anomalies de l’empreinte génomique.

Délai pour obtenir les résultats

Nouveau-né, Prénatal: 7 jours

Routine: 12 semaines

Requête

R

Test disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire (Nouveau-né), Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Nouveau-né*: 2 x3 mL

Prénatal: cliquez ici pour plus de détails

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Produits de conception – Service restreint: cliquez ici pour plus de détails

Les fœtus entiers ne sont PAS acceptés. Les échantillons provenant de produits de conception (POCs), morts fœtales in utero (IUFDs) et mortinaissances doivent OBLIGATOIREMENT être envoyés au laboratoire de pathologie, où ils seront préparés puis transférés au laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour analyse. Veuillez remplir une requête de pathologie EN PLUS de la requête de

Exigences spécifiques

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les échantillons provenant de nouveau-nés. Pour les nouveau-nés, le test de détection rapide des aneuploïdies (RAD) est automatiquement initié en même temps que l’analyse des chromosomes ou caryotype . Veuillez noter que la détection rapide des aneuploïdies ne sera effectuée que s’il est prévu que les résultats de ce test seront disponibles avant ceux de l’analyse des chromosomes.

Les échantillons provenant de mortinaissances, POCs, et IUFDs sont d’abord soumis à un test de détection rapide des aneuploïdies (RAD); pour les échantillons avec un résultat normal ou non-concluant, ce test est automatiquement suivi d’une analyse par micropuce à ADN.

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse par réaction de polymérase en chaîne par fluorescence quantitative (QF-PCR). Cela permet de déterminer le nombre de copies des chromosomes 13, 18, 21, X et Y, qui sont fréquemment impliqués dans les aneuploïdies.

Limites du test

Ce test ne permet pas la détection de la plupart des anomalies chromosomiques de structure, ni de détecter les aneuploïdies impliquant des chromosomes autres que 13, 18, 21, X et Y. Ce test n’est pas conçu pour la détection du mosaïcisme, ni des discordances fœto-placentaires causées par du mosaïcisme fœtal et/ou placentaire incluant le mosaïcisme confiné au placenta.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 5 jours

Routine: 14 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1 x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert) 

1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus RARA en 17q21 sont observés dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM) et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 7 jours

Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1 x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Le gène de fusion RUNX1::RUNX1T1, résultant de la translocation t(8;21)(q22;q22) ou de certaines variantes de cette translocation, est observé dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM) et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

S

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal: plus de détails pour le transport des échantillons.

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Saethre-Chotzen ont une délétion du bras court du chromosome 7 dans la région 7p21.1 qui inclut le gène TWIST1. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible: Prioritaire (incluant prénatal), Routine.

Veuillez contacter à l’avance le laboratoire pour les tests prénataux. Ce test est disponible dans les cas d’antécédents familiaux positifs. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)

Adulte: 2 x 6 mL

Enfant: 2 x 3 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Cellules en culture: 2x flacon T25

Aucun ADN déjà extrait n’est accepté.

Détails de l’analyse

L’analyse est effectuée par amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA) en utilisant des sondes permettant de détecter des délétions ou duplications d’exons dans les gènes SMN1 et SMN2. Les résultats sont basés sur la présence d’une délétion homozygote de l’exon 7 du gène SMN1; dans les cas où une délétion homozygote n’est pas détectée, le nombre de copies du gène SMN1 est déterminé par analyse de dosage . Une analyse de dosage par MLPA est également effectuée pour déterminer le statut de porteur.

Limites du test

Environ 95% des individus avec le syndrome d’amyotrophie spinale ont une délétion homozygote du gène SMN1. Environ 5% des patients ont une délétion hétérozygote du gène SMN1 et un variant dans la séquence du second allèle de SMN1. Les autres patients (<1%) ont une variation dans la séquence des deux allèles du gène SMN1. Ainsi, un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de syndrome d’amyotrophie spinale chez les individus atteints, ni un statut de porteur chez les individus non-atteints. Veuillez noter que le statut de porteur n’est pas rapporté chez les enfants.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 7 jours
Routine: 6 semaines

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal: plus de détails pour le transport des échantillons.

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Smith-Magenis ont une délétion du bras court du chromosome 17 dans la région 17p11.2 qui inclut le gène RAI1. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine

Détails de l’analyse

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal: plus de détails pour le transport des échantillons.

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Sotos ont une délétion du bras long du chromosome 5 dans la région 5q35 qui inclut le gène NSD1. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

Test disponible (Constitutionnel): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Détails de l’analyse

De nombreux individus ayant une différence du développement sexuel avec un caryotype 46,XY ou 46,XX présentent un remaniement chromosomique de structure impliquant le gène SRY en Yp11.31. Du mosaïcisme pour une lignée cellulaire contenant un chromosome Y peut également être observé chez certains individus ayant un caryotype 45,X apparemment homogène. La présence ou l’absence du locus SRY et de l’hétérochromatine du bras long du chromosome Y (Yq12) peut généralement être détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales.

Limites du test

Ce test ne peut pas détecter les variations dans la séquence ou les autres altérations moléculaires du gène SRY qui sont rapportées chez certains patients avec une différence du développement sexuel.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

La détection du chimérisme XX/XY chez les individus ayant subi une transplantation de moelle osseuse provenant d’un donneur de sexe opposé peut généralement être effectuée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal: plus de détails pour le transport des échantillons.
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec ichthyose liée à l’X ou déficience en stéroïde sulfatase ont une délétion du bras court du chromosome X dans la région Xp22.31 qui inclut le gène STS. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Ce test détecte les délétions impliquant le gène STS ainsi que les délétions incluant le gène KAL1 en Xp22.33.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

T

Analyse disponible: Prénatal, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2x6 mL
Enfant: 2x3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal :
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Cellules en culture: 2x flacon T25

ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
ADN (dépistage de variant familial): 200ng (concentration minimale de 50ng/ul)

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par les services de Génétique ou Cardiologie du CHEO sont acceptés.

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Tests prénataux: Veuillez contacter à l’avance le laboratoire. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.

Contenu en gènes

Séquençage: ACTA2, COL3A1, FBN1, MYH11, MYLK, NOTCH1, SLC2A10, SMAD3, TGFB2, TGFBR1, et TGFBR2

Incluant MLPA pour: COL3A1, FBN1, TGFBR2, et TGFBR1

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon des gènes associés aux anévrismes et dissections de l’aorte thoracique (voir les détails du panel TAAD ci-dessus). Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardio Panel, Illumina), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger. De plus, pour les gènes FBN1, COL3A1, TGFBR1 et TGFBR2, nous utilisons également la technique d’amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA), à l’aide d’une trousse spécifique (P065-Marfan 1, P066-Marfan 2, P155-EDS, et P148 respectivement, MRC Holland), afin de détecter de plus larges délétions ou duplications.

Limites du test

Les variants dans les gènes FBN1 et ACTA2 expliquent 23-27% des cas d’anévrismes et dissections de l’aorte thoracique; ainsi, un résultat négatif ne permet pas d’exclure ce diagnostic. Ce test détecte >99% des variants dans chacun des gènes testés.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines

Dépistage de variant familial: 4 semaines

Requête

Analyse disponible: Nouveau-né, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

ADN: >200ng/ul

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse des gènes F5 et F2 par réaction de polymérase en chaîne (PCR), suivi d’une digestion avec des enzymes de restriction spécifiques pour détecter les variants F5 p.Arg534Gln (Facteur V de Leiden) et F2 c.*97G>A (Prothrombine 20210G>A). La nomenclature des variants rapportés est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS); l’analyse est basée sur la séquence protéique NP00012.2 du gène F5, et la séquence nucléotidique NC000011.8 du gène F2.

Limites du test

D’autres facteurs héréditaires et environnementaux sont connus pour causer la thrombophilie; ainsi, un résultat négatif ne permet pas d’exclure ce diagnostic.

Délai pour obtenir les résultats

Analyse disponible (Oncologie): Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les remaniements causant une perte du locus TP53 (P53) en 17p13.1 sont observés dans plusieurs types de néoplasies d’origine lymphoïde ou myéloïde. Les remaniements du locus TP53 sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

W

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal: cliquez ici pour plus de détails

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Williams ont une délétion du bras long du chromosome 7 dans la région 7q11.23 qui inclut le gène ELN. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

Analyse disponible (Constitutionnel): Prénatal, Prioritaire, Routine.

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)

Adulte: 1x 10 mL

Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL

Prénatal: plus de détails pour le transport des échantillons.

Liquide amniotique: 1x 20mL

Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Wolf-Hirschhorn ont une délétion du bras court du chromosome 4 à partir de la région 4p16.3. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours

Routine: 21 jours

Requête

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Centre hospitalier pour enfants de l’est de l’Ontario
415 Smyth Road
Ottawa, Ontario K1H 8M8
Téléphone: 613-737-7600
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