Analyse disponible: Prioritaire, Routine.
Échantillon requis
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Sang (adultes uniquement) : 2 x 6 mL tube EDTA (bouchon mauve) ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
Fibroblastes cultivés à partir de biopsie cutanée acceptés : veuillez contacter le laboratoire avant d'organiser les tests pour plus de détails.
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Gènes inclus dans le panel de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate (HBOPC)
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Gènes inclus dans le panel
Panel | Nombre de gènes | Gènes /variants inclus |
Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate (HBOPC)
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20
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ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM (CNV only), HOXB13 (single variant: c.251G>A, p.(Gly84Glu) only), MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, and TP53.
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Panel pour le cancer héréditaire du pancréas
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12
|
ATM, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, EPCAM (CNV only), MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, STK11, and TP53.
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Variants BRCA1/BRCA2 chez les Juifs Ashkénazes
|
2
|
BRCA1 c.68_69delAG, BRCA1 c.5266dupC, and BRCA2 c.5946delT
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Liste des variants analysés en dehors des régions codantes
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Liste des variants analysés en dehors des régions codantes
Gène | Variant | Transcrit |
ATM
|
c.2639-384A>G, c.2839-579_2839-576del, c.5763-1050A>G
|
NM_000051.3
|
BRCA1
|
c.442-22_442-13del, c.5333-36_5333-22del
|
NM_007294.3
|
BRCA2
|
c.-39-1_-39del
|
NM_000059.3
|
CDKN2A
|
c.458-105A>G
|
NM_000077.4
|
MLH1
|
c.-42C>T, c.-27C>A
|
NM_000249.3
|
MSH2
|
c.212-478T>G, c.-82G>C
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NM_000251.2
|
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Exigences spécifiques
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Seuls les échantillons acheminés par la Clinique de Génétique du CHEO, un site affilié, ou un médecin de l'Hôpital d'Ottawa autorisé à commander des tests génétiques pour le cancer héréditaire, sans passer par les services de génétique, sont acceptés.
Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient. Veuillez indiquer clairement la date de naissance et le numéro MRN/OHIP/RAMQ du patient pour qui le dépistage de variant familial est demandé sur la copie du rapport de l’individu porteur du variant.
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Panels disponibles
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- Panel des variants BRCA1/BRCA2 chez les Juifs Ashkénazes (3 variants)
- Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate (19 gènes)
- Panel pour le cancer héréditaire du pancréas (12 gènes)
- Dépistage de variant familial (analyse ciblée de variants)
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Détails de l’analyse
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Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate :
L'ADN génomique est enrichi pour les régions ciblées à l'aide de sondes de capture conçues sur mesure (KAPA HyperChoice) et d'un protocole basé sur l'hybridation (KAPA HyperPlus Custom Library, KAPA Biosystems-Roche), suivi d'un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur une plateforme MiSeq (Illumina). L'alignement des séquences et l'appel des variants nucléotidiques simples (SNVs) et des petites insertions/délétions (indels) sont effectués à l'aide du logiciel NextGENe (analyse SNP/INDEL, SoftGenetics). Les SNVs et les indels dans les exons codants ainsi que dans les 20 paires de bases (pb) immédiatement adjacentes à chaque exon sont analysés. Certains variants pathogènes ou probablement pathogènes connus en dehors de ces régions sont également inclus dans l'analyse (pour une liste complète, veuillez contacter notre laboratoire). Les délétions et duplications exoniques dans tous les gènes ciblés (sauf PMS2) sont détectées à l'aide d'un algorithme développé par laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour l'analyse des variants du nombre de copies (CNVs) (PMID 27376475). L'amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA) est effectuée pour l'analyse des CNVs pour PMS2. Toutes les variants rapportés sont confirmés par une deuxième technologie, incluant le séquençage Sanger, MLPA, réaction de polymérase (PCR) de longue portée, ou PCR quantitatif (qPCR). Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytiques de >99 % pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques ; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme. Les gènes et exons suivants sont sujets à un mauvais alignement en raison de la présence de régions hautement homologues dans le génome et présentent donc un risque accru de résultats erronés : exon 28 d'ATM, exons 11-15 de CHEK2, exon 9 de PTEN et exons 1-5, 9, 11-15 de PMS2 (PMID 27228465). La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS). L'interprétation et la classification des variants sont basées sur les directives publiées (PMID 25741868). Seuls les variants pathogènes, probablement pathogènes et de signification clinique incertaine sont rapportés.
Les transcrits suivants sont utilisés dans l’analyse : ATM (NM_000051.3), BARD1 (NM_000465.2), BRCA1 (NM_007294.3), BRCA2 (NM_000059.3), BRIP1 (NM_032043.2), CDH1 (NM_004360.3), CHEK2 (NM_007194.3), EPCAM (NM_002354.2) (CNV uniquement), HOXB13 (NM_006361.5) (variante unique : c.251G>A, p.(Gly84Glu)), MLH1 (NM_000249.3), MSH2 (NM_000251.2), MSH6 (NM_000179.2), PALB2 (NM_024675.3), PMS2 (NM_000535.5), PTEN (NM_000314.4), RAD51C (NM_058216.1), RAD51D (NM_002878.3), STK11 (NM_000455.4), et TP53 (NM_000546.5).
Panel pour le cancer héréditaire du pancréas :
L'ADN génomique est enrichi pour les régions ciblées à l'aide de sondes de capture conçues sur mesure (KAPA HyperChoice) et d'un protocole basé sur l'hybridation (KAPA HyperPlus Custom Library, KAPA Biosystems-Roche), suivi d'un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur une plateforme MiSeq (Illumina). L'alignement des séquences et l'appel des variants nucléotidiques simples (SNVs) et des petites insertions/délétions (indels) sont effectués à l'aide du logiciel NextGENe (analyse SNP/INDEL, SoftGenetics). Les SNVs et les indels dans les exons codants ainsi que dans les 20 paires de bases (pb) immédiatement adjacentes à chaque exon sont analysés. Certains variants pathogènes ou probablement pathogènes connus en dehors de ces régions sont également inclus dans l'analyse (pour une liste complète, veuillez contacter notre laboratoire). Les délétions et duplications exoniques dans tous les gènes ciblés (sauf PMS2) sont détectées à l'aide d'un algorithme développé par le laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour l'analyse des variants du nombre de copies (CNVs) (PMID 27376475). L'amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA) est effectuée pour l'analyse des CNVs pour PMS2. Toutes les variants rapportés sont confirmés par une deuxième technologie, incluant le séquençage Sanger, MLPA, réaction de polymérase (PCR) de longue portée, ou PCR quantitatif (qPCR). Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytiques de >99 % pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques ; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme. Les gènes et exons suivants sont sujets à un mauvais alignement en raison de la présence de régions hautement homologues dans le génome et présentent donc un risque accru de résultats erronés : exon 28 d'ATM et exons 1-5, 9, 11-15 de PMS2 (PMID 27228465). La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS). L'interprétation et la classification des variants sont basées sur les directives publiées (PMID 25741868). Seuls les variants pathogènes, probablement pathogènes et de signification clinique incertaine sont rapportés.
Les transcrits suivants sont utilisés dans l'analyse et le rapport : ATM (NM_000051.3), BRCA1 (NM_007294.3), BRCA2 (NM_000059.3), CDKN2A (NM_000077.4), EPCAM (NM_002354.2)*, MLH1 (NM_000249.3), MSH2 (NM_000251.2), MSH6 (NM_000179.2), PALB2 (NM_024675.3), PMS2 (NM_000535.5), STK11 (NM_000455.4), et TP53 (NM_000546.5). *Analyse de CNVs uniquement
Panel des variants BRCA1/BRCA2 chez les Juifs Ashkénazes :
Les résultats sont basés sur l'analyse de séquence de l'exon 2 de BRCA1 pour détecter le variant c.68_69delAG (précédemment 185delAG) et le variant c.5266dupC (précédemment 5382insC) dans le gène BRCA1, ainsi que l'analyse de séquence de BRCA2 pour détecter le variant c.5946delT (précédemment 6174delT) dans le gène BRCA2. Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d’un variant pathogène dans les gènes BRCA1 ou BRCA2 ou dans un autre gène de susceptibilité au cancer du sein. La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS), l'assemblage du génome de référence humain GRCh37 (hg19), et les numéros d'accession nucléotidique suivants : BRCA1 (NM_007294.3) et BRCA2 (NM_000059.3). Les variants de signification clinique improbable ne sont pas inclus dans ce rapport mais sont disponibles sur demande.
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Limites du test
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Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytique de >99% pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. En raison de la forte homologie de séquence entre les exons 12-15 du gène PMS2 et son pseudogène PMS2CL, ces régions présentent un risque accru de résultats faux positifs et faux négatifs. Bien que notre analyse CNVs utilisant des données NGS détecte la plupart des délétions et duplications, certaines régions peuvent ne pas être détectées avec précision en raison de la paralogie de séquence (par exemple, pseudogènes, duplications segmentaires). Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme.
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Délai pour obtenir les résultats
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Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate et panel pour le cancer héréditaire du pancréas :
- Prioritaire : 4 semaines
- Routine : 8 semaines
Dépistage de variant familial/panel des variants chez les Juifs Ashkénazes : 4 semaines
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Informations
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Informations sur le cancer héréditaire (en anglais seulement)
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Analyse disponible: Prénatal, Routine.
Échantillon requis
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Sang: Tube EDTA (bouchon mauve) Adulte: 2 x 6 mL Enfant: 2 x 3 mL Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal:
Liquide amniotique: 1x 20mL Villosités choriales (CVS): 10-20 mg Cellules en culture : 2x flacon T25
ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl) ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
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Exigences spécifiques
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Seuls les échantillons acheminés par les services de Génétique ou Cardiologie du CHEO sont acceptés.
Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.
Tests prénataux: Veuillez contacter à l’avance le laboratoire. Des échantillons sanguins parentaux (5 mL, tube EDTA) sont requis pour les tests prénataux afin d’éliminer la possibilité de contamination par des cellules maternelles.
|
Contenu en gènes
|
Contenu en gènes
Panel | Nombre de gènes | Gènes inclus |
Cardiomyopathie adulte
|
81
|
ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CAV3, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, GAA, GATA4, GLA, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KLHL24, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MIB1, MRAS, MT-TI, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS2, RYR2, SCN5A, SHOC2, SOS1, SOS2, TAFAZZIN, TBX5, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRIM63, TTN, TTR, VCL
|
Cardiomyopathie pédiatrique
|
100
|
ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, AGL, ALMS1, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CAV3, CBL, CPT2, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, KLHL24, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, MT-TI, GAA, GATA4, GLA, HADHA, HADHB, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MIB1, MRAS, MTO1, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NF1, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPA2, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS, RRAS2, RYR2, SCN5A, SGCD, SHOC2, SLC22A5, SLC25A20, SLC25A4, SOS1, SOS2, SPRED2, TAB2, TAFAZZIN, TBX20, TBX5, TCAP, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRIM63, TTN, TTR, VCL
|
Cardiomyopathie adulte and arythmie
|
96
|
ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, GAA, GATA4, GLA, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, KLHL24, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MIB1, MRAS, MT-TI, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPA2, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS2, RYR2, SCN5A, SHOC2, SLC22A5, SLC4A3, SOS1, SOS2, TAFAZZIN, TBX5, TECRL, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRDN, TRIM63, TRPM4, TTN, TTR, VCL
|
Cardiomyopathie pédiatrique et arythmie
|
113
|
ABCC9, ACADVL, ACTC1, ACTN2, AGL, ALMS1, ALPK3, BAG3, BRAF, CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CBL, CPT2, CSRP3, CTNNA3, DES, DMD, KLHL24, DSC2, DSG2, DSP, DYSF, EMD, FHL1, FHOD3, FKRP, FKTN, FLNC, MT-TI, GAA, GATA4, GLA, HADHA, HADHB, HCN4, HRAS, JPH2, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, KRAS, LAMP2, LDB3, LMNA, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MIB1, MRAS, MTO1, MYBPC3, MYH7, MYL2, MYL3, MYO6, NEXN, NF1, NKX2-5, NRAP, NRAS, OBSCN, PKP2, PLEKHM2, PLN, PPA2, PPP1CB, PRDM16, PRKAG2, PTPN11, RAF1, RBM20, RIT1, RRAGD, RRAS, RRAS2, RYR2, SCN5A, SGCD, SHOC2, SLC22A5, SLC25A20, SLC25A4, SLC4A3, SOS1, SOS2, SPRED2, TAB2, TAFAZZIN, TBX20, TBX5, TCAP, TECRL, TMEM43, TMEM70, TNNC1, TNNI3, TNNI3K, TNNT2, TPM1, TRDN, TRIM63, TRPM4, TTN, TTR, VCL
|
Liste des variants analysés en dehors des régions codantes
|
Liste des variants analysés en dehors des régions codantes
Gène | Variant | Transcrit |
ABCC9
|
c.4512+746_4512+747insT
|
NM_020297.4
|
ACADVL
|
c.62+21_62+28del, c.1183-15A>G
|
NM_000018.4
|
AGL
|
c.1736-11A>G, c.4260-12A>G
|
NM_000642.3
|
ALPK3
|
c.-25dup
|
NM_020778.5
|
CACNA1
|
c.1114-316G>A, c.1114-313G>A, c.1114-307A>G, c.1114-304G>C, c.1114-304G>A, c.3946-43del
|
NM_000719.7
|
DES
|
c.1289-741G>A
|
NM_001927.4
|
DMD
|
c.9974+175T>A, c.9563+1215A>G, c.9362-1215A>G, c.9225-285A>G, c.9225-647A>G, c.8217+32103G>T, c.8217+18052A>G, c.6614+3310G>T, c.6291-13537A>G, c.5448+67A>G, c.5155-719_5155-31del, c.4675-11A>G, c.4072-267del, c.3603+2053G>C, c.3603+820G>T, c.3432+2036A>G, c.2292+1024G>T, c.1812+601A>G, c.961-5831C>T, c.832-15A>G, c.832-186T>G, c.650-39498A>G, c.265-463A>G, c.31+36947G>A
|
NM_004006.3
|
DYSF
|
c.1577-1692G>A, c.1577-1655C>G, c.1577-1651delinsAA, c.1577-1649G>A, c.3497-33A>G, c.5003+1249G>T, c.5785-824C>T
|
NM_001130987.2
|
FHL1
|
c.737-479G>A
|
NM_001159699.2
|
FKTN
|
c.165+1427A>G, c.648-1243G>T, c.5374_5846del
|
NM_001308093.3
|
GAA
|
c.-32-17_-32-10delins TCCCTGCTGAGCCTCCTACAGGCCTCCCGC, c.-32-13T>G, c.-32-3C>A, c.-32-2A>G, c.-32-1G>C, c.1076-22T>G, c.2647-20T>G
|
NM_000152.5
|
GATA4
|
c.913-55T>C
|
NM_000238.4
|
GLA
|
c.640-801G>A, c.640-814T>C, c.640-859C>T
|
NM_000169.3
|
HADHB
|
c.442+663A>G, c.811+82A>G
|
NM_000183.3
|
HRAS
|
c.450+132_450+141del
|
NM_007078.3
|
KCNH2
|
c.2399-28del, c.1128+1820_1128+1821del, c.1128+1810C>T
|
NM_006073.4
|
KCNQ1
|
c.386+16231G>A, c.1514+37364_1514+38744del
|
NM_000218.3
|
KRAS
|
c.451-5610C>T, c.451-5642A>T, c.451-5642A>C
|
NM_004985.5
|
LDB3
|
c.690-4733G>A, c.690-4678C>T
|
NM_001079802.2
|
LMNA
|
c.640-10A>G, c.937-22_937-10del, c.937-11C>G, c.1157+23_1158-45del, c.1609-12T>G, c.1711_1712delinsTC, c.1698+13C>A
|
NM_170707.3
|
LZTR1
|
c.-38T>A, c.264-13G>A, c.1943-256C>T, c.2220-17C>A
|
NM_006767.4
|
MYBPC3
|
c.3628-41_3628-17del, c.3331-26T>G, c.2905+445_2905+448del, c.2309-26A>G, c.1927+600C>T, c.1227-13G>A, c.1224-19G>A, c.1224-52G>A, c.1224-80G>A, c.1090+453C>T, c.906-36G>A
|
NM_000256.3
|
MYH7
|
c.5158-16C>G
|
NM_000257.4
|
MYO6
|
c.2417-1758T>G
|
NM_004387.4
|
NKX2-5
|
c.335-204del
|
NM_003060.4
|
PKP2
|
c.1379-2045_1379-1738del, c.1379-1976G>A, c.1379-1992C>T, c.1379-1998C>T, c.1379-2047_1379-2043del, c.1379-2075_1379-2074dup, c.1379-2091A>T
|
NM_001005242.3
|
SCN5A
|
c.612-189C>T, c.612-229T>G, c.612-233G>C
|
NM_001267550.2
|
SLC22A
|
c.-149G>A, c.394-141T>C, c.394-16T>A, c.825-52G>A
|
NM_000335.5
|
TAFAZZI
|
c.284+28G>A, c.284+110G>A
|
NM_000116.5
|
TBX5
|
c.664-342G>T
|
NM_181486.4
|
TRDN
|
c.484+1189G>A, c.22+29A>G
|
NM_004999.4
|
TTN
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c.39974-11T>G, c.-272G>A, c.-272G>C, c.60+18227_60+18228ins GGGCATGAACAACAGAAACTACCTGCTGCCACCTTGGCTTTA, c.61-7486G>T, c.205-19T>A, c.288+1137C>T, c.587-15_587-14del, c.587-14T>A, c.655-12_655-9del, c.731-14T>G, c.888+789A>G, c.889-21C>A, c.1063-14T>A, c.1063-13G>A, c.1260+1604A>G, c.1261-21T>G, c.1261-19G>A, c.1261-13T>A, c.1393-1555C>G, c.1393-592A>G, c.1527+1159C>T, c.1642-449A>G, c.1642-10A>G, c.1721+21dup, c.1721+542A>G, c.1722-26T>C, c.1722-20_1722-17del, c.1722-11T>A, c.1722-11T>G, c.1846-569A>C, c.2002-14C>G, c.2002-10T>A, c.2252-13T>A, c.2410-18C>G, c.2410-16A>G, c.2410-15A>G, c.2410-14A>G, c.2410-13A>G, c.2410-12T>G, c.2991-11del, c.2991-11T>G, c.3114-11C>G, c.3198-314G>A, c.3871-13T>A, c.3974+260T>G, c.3975-11T>G, c.4110+945A>G, c.4578-21T>C, c.4578-20_4578-18del, c.4578-19A>G, c.4836-10T>G, c.5269-38A>G, c.5269-19C>A, c.5269-14C>G, c.5812+332A>G, c.5813-184_5813-178dup, c.5813-177A>C, c.5813-12_5813-9del, c.6148-16T>G, c.6148-13T>A, c.6428-11T>G, c.6642+18A>G, c.6642+31T>G, c.6705-17G>A, c.6820-10T>G, c.7063-10T>G, c.7190-20T>A, c.7190-12T>A, c.7458-17T>G, c.7870-24_7870-19delinsTTTTAG, c.7971-321C>G
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NM_001267550.2
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Détails de l’analyse
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Les résultats de l'ADN sont obtenus par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (Twist Biosciences), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument NextSeq 1000/2000. L'analyse primaire et secondaire est effectuée à l'aide de la plateforme Bio-IT DRAGEN d'Illumina. Le séquençage Sanger est réalisé pour les régions d'intérêt qui ne sont pas capturées ou qui ont une couverture insuffisante (<20X). Le logiciel Emedgene (Illumina) est utilisé pour l'analyse tertiaire, qui se concentre sur les exons codant pour les protéines, les frontières exon-intron et les variants introniques spécifiques. Les variants qui ne répondent pas aux critères de qualité internes sont confirmés par une méthode orthogonale (séquençage Sanger, qPCR ou MLPA). Les variants de séquence sont rapportés selon les directives de la Human Genome Variation Society (HGVS). Les variants du nombre de copies (CNV) sont rapportés en fonction des coordonnées chromosomiques approximatives, avec des points de rupture précis pouvant différer. Les SNV et CNV sont classés selon les directives ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), le groupe de travail sur l'interprétation des variants de séquence de Clinical Genome Resource (ClinGen) et/ou les directives spécifiques du CHEO. Pour toute question concernant la couverture spécifique des gènes, la méthodologie ou l'interprétation, veuillez contacter directement le laboratoire.
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Limites du test
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Le test a une sensibilité de >99,9% pour les variants nucléotidiques simples (SNV) et les petits indels (<15 pb), et de >95% pour les délétions et duplications de plus d'un exon. Les indels plus grands (de 15 pb jusqu'à la taille d'un exon complet) et les CNV d'un seul exon sont détectés avec une sensibilité réduite.
Ce test détecte des changements génétiques dans les gènes/loci testés, selon la compréhension actuelle de la condition. Un résultat normal n'exclut pas une condition génétique, car certaines anomalies de l'ADN ne peuvent pas être détectées avec cette technologie. Les résultats des tests doivent être interprétés dans le contexte des observations cliniques, des antécédents familiaux et d'autres données pertinentes. Des résultats inexacts peuvent survenir si la qualité de l'ADN est sous-optimale ou si l'ADN est extrait par un autre laboratoire. Le test a une capacité limitée à détecter certains variants, tels que le mosaïcisme de bas niveau des SNV (<15% de fréquence allélique variante) et des CNV, une faible hétéroplasmie dans l'ADNmt, ainsi que les variants dans les régions génomiques de haute complexité. Il ne peut pas détecter les variants de structure, les CNV sur les chromosomes affectés par des aneuploïdies ou des grandes délétions/duplications, les variants affectant les exons 174-196 de TTN, ou les CNV dans MT-TI.
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Délai pour obtenir les résultats
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Prioritaire : 2 semaines
Routine : 8 semaines
Dépistage de variant familial : 4 semaines
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Requête
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Requête (en anglais seulement)
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