tests génétiques disponibles

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal:
Liquide amniotique: 1x 20mL
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 80ng (4ul, concentration de 20ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse d’amplification multiplex par ligation de sondes, spécifique à la méthylation (MS-MLPA), qui permet la détection des copies d’origine maternelle et paternelle dans la région 15q11-q13. Ce test détecte les anomalies résultant d’une délétion, d’une disomie uniparentale (UPD) ou d’une anomalie de l’empreinte génomique; toutefois, il ne permet pas de faire la différence entre la disomie uniparentale et les anomalies de l’empreinte génomique.

Limites du test

Un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de syndrome d’Angelman, puisque près de 25% des cas sont causés par des variations de séquence qui ne causent pas de méthylation anormale dans la région liée au syndrome d’Angelman.

Délai pour obtenir les résultats

Expedited: 2 weeks

Routine: 6 weeks

Requête

Requête (en anglais seulement)

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal (dépistage de variant familial seulement)
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 100ng (5ul, concentration de 20ng/ul)

Ces exigences sont celles du panel complet de gènes; veuillez contacter le laboratoire pour les exigences reliées à toute autre analyse plus spécifique. 

Exigences spécifiques

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Gene content

Test details

DNA results are obtained using targeted probe-based capture (Twist Biosciences) and sequencing on a NextSeq 1000/2000. Primary and secondary analysis is performed using Illumina’s DRAGEN Bio-IT Platform. Sanger sequencing is performed for regions of interest that are not captured or have insufficient coverage (<20X). Emedgene software (Illumina) is used for tertiary analysis, focusing on protein-coding exons, exon-intron boundaries, and specific deep intronic variants. Variants that do not meet internal quality criteria are confirmed with an orthogonal method (Sanger sequencing, qPCR, or MLPA). Sequence variants are reported according to the Human Genome Variation Society (HGVS) guidelines. Copy number variants (CNVs) are reported based on approximate chromosome coordinates, with precise breakpoints potentially differing. SNVs and CNVs are classified based on ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), Clinical Genome Resource (ClinGen) Sequence Variant Interpretation Working Group, and/or CHEO-specific guidelines. For questions regarding specific gene coverage, methodology, or interpretation, please contact the laboratory directly.

Limites du test

The test has >99.9% sensitivity for single nucleotide variants (SNVs) and small indels (<15bp), and >95% for deletions and duplications >1 exon. Larger indels (15bp to exon size) and single exon CNVs are detected with reduced sensitivity.  

This assay detects genetic changes in the tested genes/loci based on current understanding of the disorder. A normal result does not rule out a genetic disorder, as some DNA abnormalities may be undetectable with this technology. Test results should be interpreted in the context of clinical findings, family history, and other relevant data. Inaccurate results may occur if DNA quality is suboptimal or extracted by other laboratories. The assay has limited ability to detect certain variants, such as low-level mosaicism of SNVs (<15% variant allele frequency) and CNVs, low heteroplasmy in mtDNA, and variants in high complexity genomic regions. It cannot detect structural variants, CNVs on chromosomes affected by aneuploidies or large deletions/duplications, variants affecting TTN exons 174-196, or CNVs in MT-TI. 

Turnaround times

Expedited: 2 weeks

Routine: 8 weeks

Familial variant testing: 4 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal (dépistage de variant familial seulement)
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 50ng (10ul, concentration de 5ng/ul)

Exigences spécifiques

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Genes included in the ATS Next-Generation Sequencing (NGS) panel

Gene: SLC2A10

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon du gène SLC2A10 (NM_030777.3). Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardiomyopathy Sequencing custom kit, Illumina), suivi d’un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger.

Limites du test

Ce test est basé sur nos connaissances actuelles de l’étiologie génétique de cette condition, et est spécifiquement conçu pour identifier les altérations génétiques constitutionnelles affectant le gène mentionné ci-dessus (voir les Détails de l’analyse pour plus d’informations).

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines
Dépistage de variant familial: 4 semaines

Requisition form

Échantillon requis

Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus BCL2 en 18q21 sont observés dans plusieurs types de néoplasies incluant le lymphome folliculaire, le lymphome diffus à grandes cellules B ainsi que le lymphome à cellules B de haut-grade. Les remaniements impliquant le locus BCL2 sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Requête (en anglais seulement)

Les remaniements impliquant le locus BCL6 en 3q27 sont observés dans plusieurs types de néoplasies incluant le lymphome folliculaire, le lymphome diffus à grandes cellules B ainsi que le lymphome à cellules B de haut-grade. Les remaniements impliquant le locus BCL6 sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Requête (en anglais seulement)

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Le gène de fusion BCR::ABL1, résultant de la translocation t(9;22)(q34;q11.2) ou de certaines variantes de cette translocation, est observé dans la leucémie chronique myéloïde (LCM), la leucémie aiguë myéloïde (LAM), la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B), ainsi que d’autres types rares de leucémie. Cette translocation est détectable par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Par ailleurs, l’amplification du gène ABL1 qui est parfois observée dans la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules T (LAL-T) peut également être détectée à l’aide de ces sondes.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requisition form

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube 

Adult: 2x 6 mL 

Child: 2 x3 mL 

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL 

Amniotic Fluid: 1x 20mL 

Chorionic villi: 10-20mg 

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks 

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul) 

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)  

Additional requirements

ONLY samples referred through Neonatology, Cardiology or Genetics Clinics are accepted

For familial variant testing: please attach a copy of the proband's laboratory report (or name of proband for whom testing was previously performed by our laboratory) and indicate relationship to the proband.

For prenatal samples: please notify the laboratory in advance for prenatal studies. A maternal blood sample (5 mL in EDTA tube) is also required to rule out maternal cell contamination.

Gene contents 

SCN5A-including variants outside of coding regions: c.612-189C>T, c.612-229T>G, c.612-233G>C (NM_001267550.2)

Test details

DNA results are obtained using targeted probe-based capture (Twist Biosciences) and sequencing on a NextSeq 1000/2000. Primary and secondary analysis is performed using Illumina’s DRAGEN Bio-IT Platform. Sanger sequencing is performed for regions of interest that are not captured or have insufficient coverage (<20X). Emedgene software (Illumina) is used for tertiary analysis, focusing on protein-coding exons, exon-intron boundaries, and specific deep intronic variants. Variants that do not meet internal quality criteria are confirmed with an orthogonal method (Sanger sequencing, qPCR, or MLPA). Sequence variants are reported according to the Human Genome Variation Society (HGVS) guidelines. Copy number variants (CNVs) are reported based on approximate chromosome coordinates, with precise breakpoints potentially differing. SNVs and CNVs are classified based on ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), Clinical Genome Resource (ClinGen) Sequence Variant Interpretation Working Group, and/or CHEO-specific guidelines. For questions regarding specific gene coverage, methodology, or interpretation, please contact the laboratory directly.

Sensitivity/specificity and test limitations

The test has >99.9% sensitivity for single nucleotide variants (SNVs) and small indels (<15bp), and >95% for deletions and duplications >1 exon. Larger indels (15bp to exon size) and single exon CNVs are detected with reduced sensitivity.

This assay detects genetic changes in the tested genes/loci based on current understanding of the disorder. A normal result does not rule out a genetic disorder, as some DNA abnormalities may be undetectable with this technology. Test results should be interpreted in the context of clinical findings, family history, and other relevant data. Inaccurate results may occur if DNA quality is suboptimal or extracted by other laboratories. The assay has limited ability to detect certain variants, such as low-level mosaicism of SNVs (<15% variant allele frequency) and CNVs, low heteroplasmy in mtDNA, and variants in high complexity genomic regions. It cannot detect structural variants, CNVs on chromosomes affected by aneuploidies or large deletions/duplications, variants affecting TTN exons 174-196, or CNVs in MT-TI.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 8 weeks

Familial variant testing: 4 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Échantillon requis

Sang (adultes uniquement) : 2 x 6 mL tube EDTA (bouchon mauve)
ADN : 1000 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
ADN pour dépistage de variant familial : 200 ng (concentration minimale : 50 ng/µl)
Fibroblastes cultivés à partir de biopsie cutanée acceptés : veuillez contacter le laboratoire avant d'organiser les tests pour plus de détails.

Gènes inclus dans le panel de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate (HBOPC)

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par la Clinique de Génétique du CHEO, un site affilié, ou un médecin de l'Hôpital d'Ottawa autorisé à commander des tests génétiques pour le cancer héréditaire, sans passer par les services de génétique, sont acceptés.

Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient. Veuillez indiquer clairement la date de naissance et le numéro MRN/OHIP/RAMQ du patient pour qui le dépistage de variant familial est demandé sur la copie du rapport de l’individu porteur du variant.

Panels disponibles

1. Panel des variants BRCA1/BRCA2 chez les Juifs Ashkénazes (3 variants)
2. Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate (19 gènes)
3. Panel pour le cancer héréditaire du pancréas (12 gènes)
4. Dépistage de variant familial (analyse ciblée de variants)

Détails de l’analyse

Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate :

L'ADN génomique est enrichi pour les régions ciblées à l'aide de sondes de capture conçues sur mesure (KAPA HyperChoice) et d'un protocole basé sur l'hybridation (KAPA HyperPlus Custom Library, KAPA Biosystems-Roche), suivi d'un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur une plateforme MiSeq (Illumina). L'alignement des séquences et l'appel des variants nucléotidiques simples (SNVs) et des petites insertions/délétions (indels) sont effectués à l'aide du logiciel NextGENe (analyse SNP/INDEL, SoftGenetics). Les SNVs et les indels dans les exons codants ainsi que dans les 20 paires de bases (pb) immédiatement adjacentes à chaque exon sont analysés. Certains variants pathogènes ou probablement pathogènes connus en dehors de ces régions sont également inclus dans l'analyse (pour une liste complète, veuillez contacter notre laboratoire). Les délétions et duplications exoniques dans tous les gènes ciblés (sauf PMS2) sont détectées à l'aide d'un algorithme développé par laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour l'analyse des variants du nombre de copies (CNVs) (PMID 27376475). L'amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA) est effectuée pour l'analyse des CNVs pour PMS2. Toutes les variants rapportés sont confirmés par une deuxième technologie, incluant le séquençage Sanger, MLPA, réaction de polymérase (PCR) de longue portée, ou PCR quantitatif (qPCR). Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytiques de >99 % pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques ; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme. Les gènes et exons suivants sont sujets à un mauvais alignement en raison de la présence de régions hautement homologues dans le génome et présentent donc un risque accru de résultats erronés : exon 28 d'ATM, exons 11-15 de CHEK2, exon 9 de PTEN et exons 1-5, 9, 11-15 de PMS2 (PMID 27228465). La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS). L'interprétation et la classification des variants sont basées sur les directives publiées (PMID 25741868). Seuls les variants pathogènes, probablement pathogènes et de signification clinique incertaine sont rapportés.

Les transcrits suivants sont utilisés dans l’analyse : ATM (NM_000051.3), BARD1 (NM_000465.2), BRCA1 (NM_007294.3), BRCA2 (NM_000059.3), BRIP1 (NM_032043.2), CDH1 (NM_004360.3), CHEK2 (NM_007194.3), EPCAM (NM_002354.2) (CNV uniquement), HOXB13 (NM_006361.5) (variante unique : c.251G>A, p.(Gly84Glu)), MLH1 (NM_000249.3), MSH2 (NM_000251.2), MSH6 (NM_000179.2), PALB2 (NM_024675.3), PMS2 (NM_000535.5), PTEN (NM_000314.4), RAD51C (NM_058216.1), RAD51D (NM_002878.3), STK11 (NM_000455.4), et TP53 (NM_000546.5).

Panel pour le cancer héréditaire du pancréas :

L'ADN génomique est enrichi pour les régions ciblées à l'aide de sondes de capture conçues sur mesure (KAPA HyperChoice) et d'un protocole basé sur l'hybridation (KAPA HyperPlus Custom Library, KAPA Biosystems-Roche), suivi d'un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur une plateforme MiSeq (Illumina). L'alignement des séquences et l'appel des variants nucléotidiques simples (SNVs) et des petites insertions/délétions (indels) sont effectués à l'aide du logiciel NextGENe (analyse SNP/INDEL, SoftGenetics). Les SNVs et les indels dans les exons codants ainsi que dans les 20 paires de bases (pb) immédiatement adjacentes à chaque exon sont analysés. Certains variants pathogènes ou probablement pathogènes connus en dehors de ces régions sont également inclus dans l'analyse (pour une liste complète, veuillez contacter notre laboratoire). Les délétions et duplications exoniques dans tous les gènes ciblés (sauf PMS2) sont détectées à l'aide d'un algorithme développé par le laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour l'analyse des variants du nombre de copies (CNVs) (PMID 27376475). L'amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA) est effectuée pour l'analyse des CNVs pour PMS2.  Toutes les variants rapportés sont confirmés par une deuxième technologie, incluant le séquençage Sanger, MLPA, réaction de polymérase (PCR) de longue portée, ou PCR quantitatif (qPCR). Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytiques de >99 % pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques ; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme. Les gènes et exons suivants sont sujets à un mauvais alignement en raison de la présence de régions hautement homologues dans le génome et présentent donc un risque accru de résultats erronés : exon 28 d'ATM et exons 1-5, 9, 11-15 de PMS2 (PMID 27228465). La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS). L'interprétation et la classification des variants sont basées sur les directives publiées (PMID 25741868). Seuls les variants pathogènes, probablement pathogènes et de signification clinique incertaine sont rapportés.

Les transcrits suivants sont utilisés dans l'analyse et le rapport : ATM (NM_000051.3), BRCA1 (NM_007294.3), BRCA2 (NM_000059.3), CDKN2A (NM_000077.4), EPCAM (NM_002354.2)*, MLH1 (NM_000249.3), MSH2 (NM_000251.2), MSH6 (NM_000179.2), PALB2 (NM_024675.3), PMS2 (NM_000535.5), STK11 (NM_000455.4), et TP53 (NM_000546.5). *Analyse de CNVs uniquement

Panel des variants BRCA1/BRCA2 chez les Juifs Ashkénazes :

Les résultats sont basés sur l'analyse de séquence de l'exon 2 de BRCA1 pour détecter le variant c.68_69delAG (précédemment 185delAG) et le variant c.5266dupC (précédemment 5382insC) dans le gène BRCA1, ainsi que l'analyse de séquence de BRCA2 pour détecter le variant c.5946delT (précédemment 6174delT) dans le gène BRCA2. Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d’un variant pathogène dans les gènes BRCA1 ou BRCA2 ou dans un autre gène de susceptibilité au cancer du sein. La nomenclature des variants est basée sur les recommandations de la Human Genome Variation Society (HGVS), l'assemblage du génome de référence humain GRCh37 (hg19), et les numéros d'accession nucléotidique suivants : BRCA1 (NM_007294.3) et BRCA2 (NM_000059.3). Les variants de signification clinique improbable ne sont pas inclus dans ce rapport mais sont disponibles sur demande.

Limites du test

Sur la base des résultats obtenus lors de la validation, ce test atteint une sensibilité et une spécificité analytique de >99% pour les SNVs, les indels dont la taille est de <10 pb et les délétions et duplications exoniques; cependant, la sensibilité pour les indels de plus de 10 pb mais dont la taille est plus petite que celle d'un exon complet peut être réduite. En raison de la forte homologie de séquence entre les exons 12-15 du gène PMS2 et son pseudogène PMS2CL, ces régions présentent un risque accru de résultats faux positifs et faux négatifs. Bien que notre analyse CNVs utilisant des données NGS détecte la plupart des délétions et duplications, certaines régions peuvent ne pas être détectées avec précision en raison de la paralogie de séquence (par exemple, pseudogènes, duplications segmentaires). Ce test n'est pas conçu ni validé pour la détection du mosaïcisme.

Délai pour obtenir les résultats

Panel pour le cancer héréditaire du sein/des ovaires/de la prostate et panel pour le cancer héréditaire du pancréas :
Prioritaire : 4 semaines
Routine : 8 semaines
Dépistage de variant familial/panel des variants chez les Juifs Ashkénazes : 4 semaines

Informations

Informations sur le cancer héréditaire (en anglais seulement)

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul)

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Additional requirements

ONLY samples referred through Cardiology or Genetics Clinics are accepted.

For familial variant testing: please attach a copy of the proband's laboratory report (or name of proband for whom testing was previously performed by our laboratory) and indicate relationship to the proband.

For prenatal samples: please notify the laboratory in advance for prenatal studies. A maternal blood sample (5 mL in EDTA tube) is also required to rule out maternal cell contamination.

Gene content

Test details

DNA results are obtained using targeted probe-based capture (Twist Biosciences) and sequencing on a NextSeq 1000/2000. Primary and secondary analysis is performed using Illumina’s DRAGEN Bio-IT Platform. Sanger sequencing is performed for regions of interest that are not captured or have insufficient coverage (<20X). Emedgene software (Illumina) is used for tertiary analysis, focusing on protein-coding exons, exon-intron boundaries, and specific deep intronic variants. Variants that do not meet internal quality criteria are confirmed with an orthogonal method (Sanger sequencing, qPCR, or MLPA). Sequence variants are reported according to the Human Genome Variation Society (HGVS) guidelines. Copy number variants (CNVs) are reported based on approximate chromosome coordinates, with precise breakpoints potentially differing. SNVs and CNVs are classified based on ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), Clinical Genome Resource (ClinGen) Sequence Variant Interpretation Working Group, and/or CHEO-specific guidelines. For questions regarding specific gene coverage, methodology, or interpretation, please contact the laboratory directly.

Sensitivity/specificity and test limitations

The test has >99.9% sensitivity for single nucleotide variants (SNVs) and small indels (<15bp), and >95% for deletions and duplications >1 exon. Larger indels (15bp to exon size) and single exon CNVs are detected with reduced sensitivity.

This assay detects genetic changes in the tested genes/loci based on current understanding of the disorder. A normal result does not rule out a genetic disorder, as some DNA abnormalities may be undetectable with this technology. Test results should be interpreted in the context of clinical findings, family history, and other relevant data. Inaccurate results may occur if DNA quality is suboptimal or extracted by other laboratories. The assay has limited ability to detect certain variants, such as low-level mosaicism of SNVs (<15% variant allele frequency) and CNVs, low heteroplasmy in mtDNA, and variants in high complexity genomic regions. It cannot detect structural variants, CNVs on chromosomes affected by aneuploidies or large deletions/duplications, variants affecting TTN exons 174-196, or CNVs in MT-TI.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 8 weeks

Familial variant testing: 4 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Échantillon requis

Sang: tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les inversions ou les translocations impliquant le locus CBFB en 16q22 sont observées dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM) et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) en utilisant une sonde commerciale sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)
Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus CCND1 (BCL1) en 11q13.3 sont observés dans le lymphome à cellules du manteau ainsi que dans d’autres néoplasies lymphoprolifératives. Les remaniements impliquant le locus CCND1 (BCL1) sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) en utilisant une sonde commerciale sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

L’aneuploïdie des chromosomes 4 et/ou 10 est observée dans la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B) pédiatrique. L’aneuploïdie des chromosomes 4 et/10 est détectable par hybridation in situ en fluorescence (FISH) en utilisant des sondes commerciales sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques.

Délai pour obtenir les résultats

Priorité: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube hépariné au sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: tube hépariné au sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)
Prénatal: cliquez ici pour plus de détails
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Tissu (EXCLUANT les produits de conception (POC), les décès fœtaux intra-utérin (IUFD), et les mortinaissances):
3-4 mm de tissu frais (peau ou biopsie) dans un contenant stérile avec du milieu de culture stérile

Tissus postnataux, ganglions lymphatiques et biopsies de tissus tumoraux: Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique). Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.

Détails de l’analyse

L’analyse cytogénétique conventionnelle, communément appelée analyse chromosomique ou caryotype, permet de détecter des anomalies chromosomiques de nombre et/ou de structure. Ce type d’analyse requiert l’obtention d’un échantillon stérile qui contient des cellules viables pouvant entrer en division mitotique. Ce test est approprié, en autres, pour des indications cliniques telles que:

• La présence d’anomalies congénitales pouvant être causées par l’une des aneuploïdies chromosomiques fréquentes ou un large remaniement chromosomique*
• La détection des anomalies chromosomiques acquises observées dans certaines néoplasies
• Les désordres du développement sexuel
• L’infertilité
• Une grossesse môlaire (môle hydatiforme)
• Le diagnostic prénatal pour:
  • Âge maternel avancé au moment de l’accouchement:
    • Grossesse mono-fœtale: ≥40 ans
    • Grossesse gémellaire ou multiple: ≥35 ans
  • Dépistage prénatal positif (biochimique ou NIPT)
  • Anomalies fœtales à l’échographie
  • Antécédents familiaux d’anomalie(s) chromosomique(s)
• Les pertes récurrentes de grossesses (minimum de trois fausses-couches); des échantillons des deux partenaires sont requis
• Le dépistage d’anomalie(s) chromosomique(s) familiale(s)

Notez que l’analyse par micropuce à ADN est recommandée comme test de première ligne dans le cas de déficit intellectuel, retard de développement, désordre du spectre de l’autisme, et/ou anomalies congénitales qui ne sont PAS suggestives de l’une des aneuploïdies chromosomiques fréquentes ou de mosaïcisme.

Pour de plus amples informations quant aux autres indications cliniques pour lesquelles l’analyse chromosomique pourrait être appropriée, veuillez contacter l’un de nos conseillers en génétique de laboratoire.

Limites du test

La détection des anomalies chromosomiques sur des préparations de cellules en métaphase à l’aide des méthodes traditionnelles de marquage des bandes chromosomiques est restreinte à l’identification des anomalies qui sont visibles lors de l’analyse des lames sous le microscope optique avec huile à immersion (grossissement d’environ 1000x), selon des lignes directrices reconnues pour la préparation et l’analyse des spécimens qui sont spécifiques à l’indication clinique et au type d’échantillon. La taille minimale des remaniements chromosomiques de structure pouvant être détectés est généralement d’environ 10 Mb pour les échantillons post-natals, et peut varier selon la nature des échantillons. L’analyse chromosomique ne peut pas détecter les autres types d’anomalies génétiques, telles que les altérations moléculaires, les variations de séquence, la disomie uniparentale et les remaniements subtélomériques; de plus, l’évaluation du mosaïcisme est spécifique à chaque tissu et est limitée.

Disponibilité approximative des résultats

Prénatal

• Liquide amniotique: 14 jours
• Villosités choriales (CVS): 21 jours
• Sang de cordon: 7 jours

Post-natal

• Nouveau-né: 7 jours
• Parents d’un fœtus avec caryotype anormal ou couple dont la partenaire est enceinte: 7-14 jours (selon la gestation)
• Routine: 28 jours

Oncologie

• Leucémie aiguë lymphoblastique ou myéloïde, échantillon diagnostique (LAL, LAM): 14 jours
• Autres indications: 21 jours

Requête

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2X6 mL

Child: 2 x3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul)

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

For familial variant testing: please attach a copy of the proband's laboratory report (or name of proband for whom testing was previously performed by our laboratory) and indicate relationship to the proband.

For prenatal samples: please notify the laboratory in advance for prenatal studies. A maternal blood sample (5 mL in EDTA tube) is also required to rule out maternal cell contamination.

The test has >99.9% sensitivity for single nucleotide variants (SNVs) and small indels (<15bp), and >95% for deletions and duplications >1 exon. Larger indels (15bp to exon size) and single exon CNVs are detected with reduced sensitivity.

This assay detects genetic changes in the tested genes/loci based on current understanding of the disorder. A normal result does not rule out a genetic disorder, as some DNA abnormalities may be undetectable with this technology. Test results should be interpreted in the context of clinical findings, family history, and other relevant data. Inaccurate results may occur if DNA quality is suboptimal or extracted by other laboratories. The assay has limited ability to detect certain variants, such as low-level mosaicism of SNVs (<15% variant allele frequency) and CNVs, low heteroplasmy in mtDNA, and variants in high complexity genomic regions. It cannot detect structural variants, CNVs on chromosomes affected by aneuploidies or large deletions/duplications, variants affecting TTN exons 174-196, or CNVs in MT-TI.

Expedited: 2 weeks

Routine: 8 weeks

Familial variant testing: 4 weeks

Échantillon requis:

Sang: tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Prénatal: cliquez ici pour plus de détails
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome du Cri du Chat ont une délétion du bras court du chromosome 5 dans la région 5p11.2. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Ce test détecte également les délétions impliquant la région 5p15.31.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les délétions ou les translocations impliquant le locus CRLF2 en Xp22.33/Yp11.32 sont observées dans la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B) et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) en utilisant des sondes commerciales sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

La monosomie du chromosome 7 ou les délétions de son bras long (délétion 7q) sont observés dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM), le syndrome myélodysplasique (SMD) ou les syndromes d’insuffisance médullaire héritée. La monosomie 7 ou les délétions 7q sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales ciblant le centromère du chromosome 7 ainsi que le locus D7S486 en 7q31. Par ailleurs, les isochromosomes 7q qui sont parfois observés dans les syndromes d’insuffisance médullaire héritée peuvent également être détectés à l’aide de ces sondes. À la demande du médecin référant, une sonde commerciale ciblant le centromère du chromosome 8 peut également être incluse afin de détecter la trisomie 8.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Prénatal: plus d'information pour le transport des échantillons ici.
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de DiGeorge/vélo-cardio-facial ont une délétion du bras long du chromosome 22 dans la région 22q11.21 qui inclut le gène HIRA (TUPLE1). Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Limites du test

Ce test ne peut pas détecter les délétions qui n’incluent pas le gène HIRA (TUPLE1), c’est-à-dire les délétions distales ou impliquant la région “B-D”, qui sont rapportées chez moins de 10% des patients.

Délai pour obtenir les résultats

Prenatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

La monosomie du chromosome 5 ou les délétions de son bras long (délétion 5q) sont observées dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM), le syndrome myélodysplasique (SMD) ou les syndromes d’insuffisance médullaire héritée. La monosomie 5 ou les délétions 5q sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale ciblant le locus EGR1 en 5q31 ainsi qu’un locus contrôle sur le bras court du chromosome 5.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Requête (en anglais seulement)

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Le gène de fusion ETV6::RUNX1 résultant de la translocation t(12;21)(p13;q22) est observé dans la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B) pédiatrique et est détectable par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Par ailleurs, les délétions du bras court du chromosome 12 en 12p13, la trisomie 21 ou l’amplification du gène RUNX1 [“iAMP21”] qui sont parfois observées dans les LAL-B pédiatriques peuvent également être détectées à l’aide de ces sondes.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)
Tissu:
Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.
Sections de tissus congelés ou fixés à la formaline et enrobés de paraffine (FFPE): Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus EWSR1 en 22q12 sont observés dans le sarcome d’Ewing ainsi que d’autres tumeurs de la même famille, et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Type d'échantillon : Sang périphérique UNIQUEMENT
Milieu de prélèvement : Tube EDTA (bouchon violet)

Minimum :

• Adulte : 2 x 6 mL
• Enfant ou nourrisson : 2 x 3 mL

Critères d'acceptation :

• Sang prélevé dans un tube EDTA, reçu dans les 5 jours suivant le prélèvement et conservé/expédié à environ 4°C

OU

• Sang prélevé dans un tube EDTA, reçu dans les 3 jours suivant le prélèvement et conservé/expédié à température ambiante. REMARQUE : il est préférable de recevoir les échantillons du lundi au jeudi si possible. Si un envoi est nécessaire, il est recommandé de prélever l'échantillon le lundi ou le mardi et de l'envoyer le jour même afin d'assurer une livraison rapide.

Les échantillons suivants ne seront PAS acceptés :

ADN, sang de cordon ombilical, échantillons de sang congelés, échantillons de sang prélevés dans un tube/récipient inadéquat, échantillons de sang dans un tube EDTA qui ne répondent pas aux critères d'acceptation ci-dessus, ou pour lesquels il manque des informations pertinentes en lien avec le prélèvement.

Détails de l’analyse

La dystrophie musculaire facio-scapulo-humérale de type 1 (FSHD1) est une forme autosomique dominante de dystrophie musculaire, causée par une contraction pathogène des répétitions D4Z4 dans la région subtélomérique du chromosome 4q35, sur un haplotype permissif du chromosome 4 (4qA). Les allèles normaux sont des ensembles de répétitions D4Z4 avec ≥12 unités, ou avec n’importe quel nombre d'unités de répétition sur un haplotype non permissif (4qB). Les allèles à pénétrance incomplète possèdent 10 ou 11 unités de répétition D4Z4 en présence de 4qA. Les allèles à pénétrance complète ont entre 1 et 9 unités de répétition D4Z4 en présence de 4qA. L'ADN de haut poids moléculaire est extrait et marqué par fluorescence (SP Blood & Cell Culture DNA Isolation and DLS DNA Labeling kit, Bionano Genomics). La cartographie optique du génome (OGM) de l'ADN marqué est réalisée sur le système Saphyr (Bionano). Le pipeline d'analyse FSHD EnFocus (Bionano) est utilisé pour quantifier les répétitions D4Z4 sur les chromosomes 4 et 10, ainsi que pour attribuer les haplotypes permissifs ou non permissifs. La quantification du nombre d'unités de répétition a une précision d'environ +/- 1 unité. Des variations du nombre de copies (CNVs) à proximité du gène SMCHD1 sur le chromosome 18 peuvent également être détectées et rapportées.

Limites du test

La sensibilité analytique de ce test pour quantifier les ensembles de répétitions D4Z4 pathogènes et attribuer les haplotypes est d'environ 100 %. Cependant, pour les ensembles de répétitions de très grande taille (typiquement >50 unités), il se peut qu'il n'y ait pas de molécules suffisamment grandes pour couvrir la totalité de la séquence D4Z4 et la région distale de l'haplotype. Par conséquent, ces grands ensembles de répétitions peuvent ne pas être détectées, ou une estimation de leur taille minimale peut être rapportée, et l'haplotype est indiqué comme inconnu. Ce test peut identifier environ 95 % des personnes atteintes de FSHD causée par une contraction pathogène des répétitions D4Z4 en 4q35. Un résultat négatif n'exclut pas un diagnostic de FSHD, car il est possible qu'un variant pathogène dans SMCHD1 soit présent en même temps qu'un haplotype 4qA permissif. De rares événements, tels que la translocation de séquences pathogéniques du chromosome 4 au chromosome 10 (PMID 33436523, 20724583), peuvent entraîner un résultat faux négatif.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 8 semaines

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL

Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Tissu:
Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.

Sections de tissus congelés ou fixés à la formaline et enrobés de paraffine (FFPE): Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus FOXO1 (FKHR) en 13q14 sont observés dans le rhabdomyosarcome alvéolaire, et sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal
Liquide amniotique: 1x 20mL
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 4-40ng (2ul, concentration de 2-20ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse des trinucléotides CGG par réaction de polymérase en chaîne (PCR) à l’aide de la trousse FRAX (Assuragen); dans certains cas, une analyse par transfert de Southern est aussi effectuée afin de déterminer le nombre de répétitions de trinucléotides CGG.

Limites du test

Il est estimé que >99% des individus avec le syndrome du X fragile ont une expansion de trinucléotides CGG dans la région 5' non traduite du gène FMR1; les autres patients ont une délétion ou un variant de séquence dans le gène FMR1. Ainsi, un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de syndrome de l’X fragile.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Nouveau-né: 14 jours
Routine: 6 semaines

Requête (en anglais seulement

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte seulement: 2 x 6 mL
ADN: 4-40ng/ul (2ul, concentration de 2-20ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de trinucléotides CGG par réaction de polymérase en chaîne (PCR) à l’aide de la trousse FRAX (Assuragen); dans certains cas, une analyse par transfert de Southern est aussi effectuée afin de déterminer le nombre de répétitions de trinucléotides CGG.

Limites du test

Ce test est recommandé pour les individus montrant des symptômes du syndrome de tremblement/ataxie associé à l'X fragile, et/ou qui ont des antécédents familiaux de troubles reliés au gène FMR1. La pénétrance est incomplète, et certains individus porteurs d’une prémutation ne développeront pas de symptômes de tremblement/ataxie associé à l'X fragile.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 6 semaines

Requête

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult only: 2x 6 mL

DNA: 100ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Test details

PCR amplification of the CGG repeat using the FRAX kit from Asuragen and in some cases Southern blot analysis is used to determine the CGG repeat number.

Test limitations

Testing is recommended for individuals with symptoms and/or family history of FMR1-related disorders. Penetrance is not complete, and not all individuals with FMR1 premutations will develop symptoms of FXTAS.

Turnaround time

Routine: 6 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte seulement: 2 x 6mL
ADN: >200ng/ul

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse du gène HFE par réaction de polymérase en chaîne (PCR) , suivi d’une digestion avec des enzymes de restriction spécifiques pour détecter les variants p.Cys282Tyr et p.His63Asp.

Limites du test

Approximativement 88% des cas d’hémochromatose héréditaire sont causés par les variants détectés par ce test (voir les Détails de l’analyse ci-dessus). Puisque qu’environ 7% des individus n’ont aucun de ces variants, un résultat négatif n’exclut pas un diagnostic d’hémochromatose héréditaire.

Turnaround time

Routine: 6 semaines

Requête et plus d'informations

Requête (en anglais seulement)

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 1x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal (dépistage de variant familial seulement)
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg
Cellules en culture: 2x flacon T25
ADN: 100ng (5ul, concentration de 20ng/ul)
Ces exigences sont celles du panel complet de gènes; veuillez contacter le laboratoire pour les exigences reliées à toute autre analyse plus spécifique.

Exigences spécifiques

Seuls les échantillons acheminés par les cliniques de cardiologie ou de génétique sont acceptés.
Dépistage de variant familial: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant (ou son nom, si le test a été effectué dans notre laboratoire) ainsi que son lien de parenté avec le patient.

Gene contents

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon des gènes associés à la cardiomyopathie hypertrophique (voir les détails du panel HCM ci-dessus). Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardiomyopathy custom panel, Illumina), suivi d‘un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger. De plus, pour les gènes MYBPC3, MYH7 et TNNT2, nous utilisons également la technique d’amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA), à l’aide d’une trousse spécifique à chaque gène (P100, P418 et P196 respectivement, MRC Holland), afin de détecter de plus larges délétions ou duplications.

Limites du test

Les variants identifiés par séquençage expliquent approximativement 92% des altérations moléculaires identifiables. Un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de cardiomyopathie hypertrophique étant donné l’hétérogénéité de cette condition.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines
Dépistage de variant familial: 4 semaines

Requisition form

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Prénatal: cliquez ici pour plus de détails
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Kallmann ont une délétion du bras court du chromosome X dans la région Xp22.33 qui inclut le gène KAL1. Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant des sondes commerciales. Ce test détecte les délétions impliquant le gène KAL1 ainsi que les délétions incluant le gène STS en Xp22.31.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’hépariné de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus KMT2A (MLL) en 11q23 sont observés dans la leucémie aiguë myéloïde (LAM), la leucémie aiguë lymphoblastique à cellules B (LAL-B), ainsi que d’autres types rares de leucémie. Les remaniements impliquant le locus KMT2A (MLL) sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2x 6 mL

Child: 2x 3mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul)

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Panel pour le syndrome de Loeys-Dietz

Séquençage: SLC2A10, SMAD3, SMAD4, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, et TGFBR2
MLPA: TGFBR1 et TGFBR2

Genes: SLC2A10, SMAD2, SMAD3, SMAD4, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, and TGFBR2

Including MLPA of: TGFBR1 and TGFBR2

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon des gènes associés au syndrome Loeys-Dietz (voir les détails du panel ci-dessus). Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardio panel, Illumina), suivi d‘un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger. De plus, pour les gènes TGFBR1 et TGFBR2, nous utilisons également la technique d’amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA), à l’aide d’une trousse spécifique (P148, MRC Holland), afin de détecter de plus larges délétions ou duplications.

Limites du test

Ce test est basé sur nos connaissances actuelles de l’étiologie génétique de cette condition, et est spécifiquement conçu pour identifier les altérations génétiques constitutionnelles affectant les gènes mentionnés ci-dessus (voir les Détails de l’analyse pour plus d’informations). Ce test détecte >99% des variants dans chacun des gènes testés.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines
Dépistage de variant familial: 4 semaines

Requête

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2x 6 mL

Child: 2x 3mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul)

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Additional requirements

ONLY samples referred through Neonatology, Cardiology or Genetics Clinics are accepted

For familial variant testing: please attach a copy of the proband's laboratory report (or name of proband for whom testing was previously performed by our laboratory) and indicate relationship to the proband.

For prenatal samples: please notify the laboratory in advance for prenatal studies. A maternal blood sample (5 mL in EDTA tube) is also required to rule out maternal cell contamination.

Gene content

Genes included

CACNA1C, CALM1, CALM2, CALM3, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, SCN5A, TECRL, TRDN

Test details

DNA results are obtained using targeted probe-based capture (Twist Biosciences) and sequencing on a NextSeq 1000/2000. Primary and secondary analysis is performed using Illumina’s DRAGEN Bio-IT Platform. Sanger sequencing is performed for regions of interest that are not captured or have insufficient coverage (<20X). Emedgene software (Illumina) is used for tertiary analysis, focusing on protein-coding exons, exon-intron boundaries, and specific deep intronic variants. Variants that do not meet internal quality criteria are confirmed with an orthogonal method (Sanger sequencing, qPCR, or MLPA). Sequence variants are reported according to the Human Genome Variation Society (HGVS) guidelines. Copy number variants (CNVs) are reported based on approximate chromosome coordinates, with precise breakpoints potentially differing. SNVs and CNVs are classified based on ACMG/AMP (PMIDs 25741868, 29300372), Clinical Genome Resource (ClinGen) Sequence Variant Interpretation Working Group, and/or CHEO-specific guidelines. For questions regarding specific gene coverage, methodology, or interpretation, please contact the laboratory directly.

Sensitivity/specificity and test limitations

The test has >99.9% sensitivity for single nucleotide variants (SNVs) and small indels (<15bp), and >95% for deletions and duplications >1 exon. Larger indels (15bp to exon size) and single exon CNVs are detected with reduced sensitivity.

This assay detects genetic changes in the tested genes/loci based on current understanding of the disorder. A normal result does not rule out a genetic disorder, as some DNA abnormalities may be undetectable with this technology. Test results should be interpreted in the context of clinical findings, family history, and other relevant data. Inaccurate results may occur if DNA quality is suboptimal or extracted by other laboratories. The assay has limited ability to detect certain variants, such as low-level mosaicism of SNVs (<15% variant allele frequency) and CNVs, low heteroplasmy in mtDNA, and variants in high complexity genomic regions. It cannot detect structural variants, CNVs on chromosomes affected by aneuploidies or large deletions/duplications, variants affecting TTN exons 174-196, or CNVs in MT-TI.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 8 weeks

Familial variant testing: 4 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 1x 10 mL

Child: 2x 5mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul)

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Gene content

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de la séquence codante ainsi que des 10 paires de bases immédiatement adjacentes à chaque exon du gène FBN1. Ce test est effectué par capture de cibles à l’aide de sondes oligonucléotidiques issues d’une trousse spécifiquement conçue (TruSight Cardio sequencing kit, Illumina), suivi d‘un séquençage de nouvelle génération (NGS) sur un instrument Illumina. Les variants cliniquement significatifs ou de signification incertaine sont confirmés par séquençage Sanger; les régions ayant une couverture insuffisante après NGS sont également réanalysées par séquençage Sanger. De plus, une analyse d’amplification multiplex par ligation de sondes (MLPA), à l’aide de trousses spécifiques au gène FBN1 (P065-Marfan 1 et P066-Marfan 2, MRC Holland), est effectuée afin de détecter de plus larges délétions ou duplications.

Limites du test

Ce test détecte >99% des variants dans le gène FBN1, qui représentent la cause la plus commune (70-90%) des cas de syndrome classique de Marfan. Puisque ce test ne détecte pas tous les variants cliniquement significatifs associés à cette condition, il est possible qu’un variant situé dans un autre gène que celui testé soit présent.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 10 semaines
Dépiste de variant familial: 4 semaines

Requête

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult only: 1x 10 mL

DNA: 50ng (Minimum concentration 25ng/ul

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse comparative de 15 marqueurs polymorphiques de la trousse Identifiler (ABI) entre l’ADN de l’échantillon prénatal et l’ADN parental afin de déterminer si l’ADN extrait des amniocytes ou des villosités choriales (CVS) est contaminé par la présence d’ADN d’origine maternelle.

Limites du test

This assay is able to detect maternal cell contamination at levels as low as 5%.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal:14 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 1x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Produits de conception- Service restreint: cliquez ici pour plus de détails
Les fœtus entiers ne sont PAS acceptés. Les produits de conception (POCs), morts fœtales in utero (IUFDs) et mortinaissances doivent OBLIGATOIREMENT être envoyés au laboratoire de pathologie, où ils seront préparés puis transférés au laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour l’analyse. Veuillez remplir une requête de pathologie EN PLUS de la requête de cytogénétique.
ADN: Veuillez contacter le laboratoire pour de plus amples informations.

Détails de l’analyse

L’analyse par micropuce à ADN détecte les variations du nombre de copies (CNVs) et est recommandée comme test de première ligne pour les patients avec une déficience intellectuelle, un retard de développement, un trouble du spectre de l’autisme (TSA), et/ou des anomalies congénitales qui ne sont pas suggestives de l’une des aneuploïdies chromosomiques fréquentes. Veuillez consulter la liste de questions fréquentes (FAQ) pour plus de détails. La micropuce utilisée au CHEO (Affymetrix Cytoscan HD) contient approximativement 1,9 millions de sondes oligonucléotidiques et environ 750,000 sondes de type SNP. L’analyse des résultats est basée sur la version 19 (GRCh37/hg19) du génome humain. Les échantillons postnataux* sont analysés avec une résolution de 50kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques). Par ailleurs, les échantillons sont examinés afin d’identifier les  longues séquences contiguës d'homozygotie (LCSH) >/= 5Mb sur les autosomes.

*Les échantillons provenant de mortinaissances, POCs, et IUFDs sont analysés par micropuce à ADN uniquement si les résultats de la détection rapide des aneuploïdies (RAD) sont normaux ou non-concluants. Lorsque l’analyse par micropuce à ADN est effectuée, ces échantillons sont analysés avec une résolution de 500kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques) pour les pertes de copie et de 1000kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques) pour les gains de copie sur l’ensemble du génome. De plus, les échantillons sont examinés afin d’identifier les longues séquences contiguës d'homozygotie (LCSH) >/= 10Mb sur les autosomes.

Limites du test

Les variations du nombre de copies (CNVs) qui ont une taille ou un nombre de sondes oligonucléotidiques sous les seuils mentionnés ci-dessus pourraient ne pas être détectés par cette analyse. À moins qu’ils ne soient jugés comme ayant une signification clinique pertinente, les pertes de copie hétérozygotes impliquant les gènes autosomiques récessifs (statut de porteur) ne sont pas rapportés de façon routinière; les CNVs qui ne contiennent pas de gènes codants au moment de l’émission du rapport ne sont pas non plus rapportés. L’analyse par micropuce à ADN Affymetrix Cytoscan HD ne permet pas de détecter les translocations équilibrées ou les inversions, ni de détecter les déséquilibres impliquant des régions qui ne sont pas représentées sur la micropuce. Cette analyse ne peut pas détecter les variants de séquence, les petites délétions ou duplications en-dessous de la résolution établie, les modifications épigénétiques, les longues séquences contiguës d'homozygotie (LCSH) <5 Mb sur les autosomes ou les LCSH sur les chromosomes sexuels (sauf sur demande), ou les anomalies de l’empreinte génomique. Ceci n’est pas un test de diagnostic pour la disomie uniparentale (UPD): cette analyse ne peut pas détecter l’hétérodisomie uniparentale, et la sensibilité de ce test pour la détection de l’isodisomie uniparentale n’a pas été validée. Ce test n’est pas conçu pour détecter le mosaïcisme de faible niveau, et la sensibilité pour détecter le mosaïcisme n’a pas été établie.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 42 jours

Requête et plus d'informations

Requête (en anglais seulement).

Informations sur l'analyse par micropuce (en anglais seulement)

Échantillon requis

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Détails de l’analyse

L’hybridation in situ en fluorescence (FISH) est la méthode de suivi recommandée pour le dépistage génétique familial après la détection de variation(s) du nombre de copies (CNVs) par l’analyse par micropuce à ADN. L’analyse FISH sur chromosomes métaphasiques permet de détecter les remaniements de structure tels que des inversions ou des translocations qui, lorsqu’elles sont déséquilibrées, peuvent causer des variations du nombre de copies. L’analyse par FISH sur chromosomes métaphasiques est effectuée à l’aide de sondes FISH (sondes commerciales ou personnalisées BAC RP11) spécifiquement choisies selon la région d’intérêt.

Veuillez consulter la liste de questions fréquentes (FAQ) pour plus de détails.

Limites du test

L’analyse ne peut détecter que les anomalies impliquant le locus spécifiquement ciblé par la sonde FISH. L’interprétation des résultats peut être affectée par les différents patrons d’hybridation et dans certains cas, une analyse complémentaire par réaction de polymérase en chaîne quantitative (qPCR) pourrait être nécessaire pour le suivi des résultats obtenus par micropuce.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 28 jours
Routine: 56 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube EDTA (bouchon mauve)
Adulte: 2 x 6 mL
Enfant: 2 x 3 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
ADN: Veuillez contacter le laboratoire pour de plus amples informations.

Exigences spécifiques

Veuillez attacher une copie du rapport de l’analyse par micropuce à ADN qui a été effectuée chez le patient ainsi que toute autre information/analyse de laboratoire utile avec la demande de suivi par réaction de polymérase en chaîne quantitative (qPCR).

L’analyse sera initiée uniquement lorsque les échantillons de tous les membres de la famille qui sont jugés pertinents auront été reçus.

Détails de l’analyse

Pour chaque variation du nombre de copies nécessitant un dépistage génétique familial, deux paires d’amorces sont spécifiquement conçues à partir des coordonnées génomiques de la région d’intérêt afin d’effectuer le test de qPCR.

Veuillez consulter la liste de questions fréquentes (FAQ) pour plus de détails. La quantification de la région génomique d’intérêt est effectuée par rapport à un ADN de référence, avec un contrôle positif et un contrôle normal analysés en parallèle.

Limites du test

Ce test ne peut pas détecter les remaniements de structure, et seules les variations du nombre de copies de la région ciblée peuvent être détectées. La sensibilité et la spécificité de chacune des amorce de qPCR n’ont pas été établies, et la possibilité qu’un variant familial rare au niveau du site de liaison des amorces puisse affecter l’amplification de l’ADN de l’échantillon, altérant ainsi la quantification, ne peut être exclue. Ce test n’est pas conçu pour la détection du mosaïcisme. Il est donc recommandé de faire un suivi par hybridation in situ en fluorescence (FISH) des résultats par micropuce aussi souvent que possible.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 28 jours
Routine: 56 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x3 mL
Prénatal: plus de détails pour le transport des échantillons.
Liquide amniotique: 1x 20mL
Villosités choriales (CVS): 10-20mg

Détails de l’analyse

La plupart des individus avec le syndrome de Miller-Dieker ont une délétion du bras court du chromosome 17 dans la région 17p13.3 qui inclut le gène PAFAH1B1 (LIS1). Cette délétion est généralement détectée par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Sang: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
Adulte: 1 x 10 mL
Nouveau-né (<1 an): 1 x 3 mL
Moelle osseuse: Tube d’héparine de sodium (bouchon vert)
1 x 1 mL (première aspiration)
Tissu:
Ganglions lymphatiques frais/biopsies de tissus tumoraux: contenant stérile avec du milieu de culture stérile. Si le transport est retardé de plus d’un jour, réfrigérez l’échantillon (dans un milieu de culture stérile ou solution isotonique).
Ne pas congeler. Ne pas utiliser d’alcool, de formaline, d’eau distillée ou tout autre type d’agent de conservation.
Sections de tissus congelés ou fixés à la formaline et enrobés de paraffine (FFPE): Service restreint. Veuillez contacter le laboratoire avant d’acheminer tout échantillon.

Détails de l’analyse

Les remaniements impliquant le locus MYC (C-MYC) en 8q24 sont observés dans plusieurs types de néoplasies incluant le lymphome de Burkitt ainsi que le lymphome à cellules B de haut-grade. Les remaniements impliquant le locus MYC (C-MYC) sont détectables par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur noyaux interphasiques et chromosomes métaphasiques en utilisant une sonde commerciale.

Délai pour obtenir les résultats

Prioritaire: 14 jours
Routine: 21 jours

Requête

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 3000 – 5000ng (minimum concentration: 200ng/ul)

Détails de l’analyse

Les résultats sont basés sur l’analyse de trinucléotides CTG dans le gène DMPK par réaction de polymérase en chaîne (PCR) . Dans certains cas, l’analyse est suivie d’une digestion avec l’enzyme de restriction EcoRI et d’un transfert de Southern avec la sonde pGB2.2.

The CTG repeat length is assessed by PCR fragment analysis to identify alleles with less than ~100 repeats, and Southern Blot analysis (BglI digestion and probed with GeneProber GLDM4, Gene Link) to identify alleles with more than ~100 repeats. The analytical sensitivity of this assay to detect CTG repeat expansion is approximately 100%; rare polymorphisms or other technical reasons may result in a false negative result. Almost all individuals with myotonic dystrophy type 1 have a CTG trinucleotide repeat expansion; therefore, the clinical sensitivity of this assay is approximately 100%.

Limites du test

Puisqu’une petite proportion d’individus montrant des symptômes de dystrophie myotonique n’ont pas d’expansion de trinucléotides CTG, un résultat négatif n’exclut pas un diagnostic de dystrophie myotonique. Dans de tels cas, un diagnostic de dystrophie myotonique de type 2 devrait être considéré.

Délai pour obtenir les résultats

Prénatal, Nouveau-né: 14 jours
Routine: 8 semaines

Requête

Échantillon requis

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

DNA: 300ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Peripheral blood samples must be received by the Laboratory within 7 days of being drawn to be accepted for this test.

Détails de l’analyse

La taille des allèles est déterminée par réaction de polymérase en chaîne (PCR) en utilisant des amorces de part et d’autre du motif de répétition dans le gène CNBP. Pour les échantillons où seul un allèle normal est amplifié par PCR, l’analyse est suivie d’une digestion avec l’enzyme de restriction EcoRI et d’un transfert de Southern avec une sonde synthétisée à partir d’un amplicon PCR provenant de l’intron 1 du gène CNBP.

Limites du test

Ce test détecte >99% des cas de dystrophie myotonique de type 2. Cependant, un résultat négatif ne permet pas d’exclure un diagnostic de dystrophie myotonique.

Délai pour obtenir les résultats

Routine: 6 semaines

Requête

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Bone marrow: 1x1 mL (first draw)

Tissue:

Fresh lymph node/tumour biopsy: sterile container with culture medium. If transit is to be delayed for more than one day, refrigerate sample (in sterile culture media or isotonic saline). Do not freeze. Do not use alcohol, formalin, distilled water or any other type of preservative.

Frozen or formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue sections: restricted service. Please contact the laboratory prior to sending samples.

Test details

Amplification of the NMYC (MYCN) locus at 2p24 is frequently seen in neuroblastoma and other peripheral neuroblastic tumours. Amplification involving the NMYC (MYCN) locus is detectable using commercially available fluorescence in situ hybridization (FISH) probes on interphase nuclei and metaphase chromosomes.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

DNA: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Test details

The polymerase chain reaction (PCR) amplification is used to determine the number of PABPN1 GCN repeats.

Test limitations

Rare polymorphisms or other technical reasons may result in a false negative result.

Turnaround time

Routine: 6 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Bone marrow: 1x1 mL (first draw)

Test details

Interstitial deletion 4q12 involving the CHIC2 locus is typically associated with cytogenetic rearrangements of the PDGFRA locus and may result in a FIP1L1-PDGFRA gene fusion in myeloid/lymphoid neoplasms with eosinophilia. Rearrangements involving the CHIC2 locus are detectable using commercially available fluorescence in situ hybridization (FISH) probes on interphase nuclei and metaphase chromosomes.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Prenatal Samples: click here for more details

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Additional requirements

For prenatal samples (familial variant testing only): please notify the laboratory in advance for prenatal studies. Maternal blood sample (5 mL in EDTA tube) also required to rule out maternal cell contamination.

Test details

Most individuals with Phelan-McDermid syndrome have a deletion of the long arm of chromosome 22 occurring in region 22q13.33, which includes the SHANK3 gene. This deletion can typically be detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) using a commercially available probe.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Bone marrow: 1x1 mL (first draw)

Test details

The PML-RARA gene fusion resulting from the translocation t(15;17)(q24;q21) is commonly seen in acute myeloid leukemia (AML) and is detectable using commercially available fluorescence in situ hybridization (FISH) probes on interphase nuclei and metaphase chromosomes.

Turnaround time

Expedited: 1 week

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorinonic Villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Additional requirements

For prenatal samples (familial variant testing only): please notify the laboratory in advance for prenatal studies. Maternal blood sample (5 mL in EDTA tube) also required to rule out maternal cell contamination.

Test details

DNA results are based on analysis using methylation specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) to detect both maternal and paternal copies of the 15q11-q13 region.

Test limitations

This analysis detects all cases of PWS due to deletion, uniparental disomy (UPD), and imprinting mutations; however, it cannot distinguish UPD from an imprinting defect.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 6 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Newborn: 2-1 x3 mL

Prenatal Samples: click here for more details

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Products of Conception - restricted service: click here for more details

An intact fetus will not be accepted by the Cytogenetics section of the Genetics Diagnostic Laboratory

Products of Conception (POCs), intrauterine fetal deaths (IUFDs) and stillbirths MUST be sent to a pathology laboratory, where they will be prepared and then automatically transferred to the CHEO Genetics Diagnostic Laboratory for testing. Completed requisitions for both the Pathology AND Genetics Diagnostic Laboratories are required.

Additional requirements

Contact the laboratory in advance for testing on newborns; testing on newborns is always performed in conjunction with chromosome analysis. RAD is only offered when results of RAD testing are expected to be available before chromosome analysis can be completed.

Samples from POC/IUFD/stillbirth are first tested by RAD; in the event of a normal or uninformative result by RAD, testing will reflex to genomic microarray

Test details

Studies are performed by PCR quantification and allow for enumeration of chromosomes X, Y, 13, 18 and 21 which are commonly implicated in aneuploidies.

Test limitations

This analysis does not detect most structural abnormalities, nor aneuploidies of chromosomes other than 13, 18, 21, X and Y. This is not an assay for the detection of mosaicism, nor fetal-placental discordances due to fetal and/or placental mosaicism including confined placental mosaicism.

Turnaround time

Expedited: 5 days

Routine: 2 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Bone marrow: 1x1 mL (first draw)

Test details

Rearrangements involving the RARA locus at 17q21 are seen in acute myeloid leukemia (AML) and are detectable using commercially available fluorescence in situ hybridization (FISH) probes on interphase nuclei and metaphase chromosomes.

Turnaround time

Expedited: 1 week

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Bone marrow: 1x1 mL (first draw)

Test details

The RUNX1-RUNX1T1 gene fusion resulting from the translocation t(8;21)(q22;q22) or variant rearrangements is commonly seen in acute myeloid leukemia (AML) and is detectable using commercially available fluorescence in situ hybridization (FISH) probes on interphase nuclei and metaphase chromosomes.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Prenatal Samples: click here for more details

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Test details

Individuals with Saethre-Chotzen syndrome have a deletion of the short arm of chromosome 7 occurring in region 7p21.1, which includes the TWIST1 gene. This deletion can typically be detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) using a commercially available probe.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Bone marrow: 1x1 mL (first draw)

Test details

Detection of XX/XY chimerism in individuals who have received a bone marrow transplant from an opposite-sex donor can typically be done by using commercially available centromere-specific fluorescence in situ hybridization (FISH) probes.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Prenatal Samples: click here for more details

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Test details

Individuals with Smith-Magenis syndrome have a deletion of the short arm of chromosome 17 occurring in region 17p11.2, which includes the RAI1 gene. This deletion can typically be detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) using a commercially available probe.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Prenatal Samples: click here for more details

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Test details

Most individuals with Sotos syndrome have a deletion of the long arm of chromosome 5 occurring in region 5q35, which includes the NSD1 gene. This deletion can typically be detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) using a commercially available probe.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Prenatal Samples: click here for more details

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Test details

Most individuals with Steroid Sulfatase Deficiency of X-linked ichthyosis have a deletion of the short arm of the X chromosome occurring in region Xp22.31, which includes the STS gene. This deletion can typically be detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) using commercially available probes. This analysis will detect deletions of the STS gene as well as deletions extending up to the KAL1 gene in Xp22.33.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Additional requirements

For prenatal samples (available only if there is a previous family history): please notify the laboratory in advance for prenatal studies. Maternal blood sample (5 mL in EDTA tube) also required to rule out maternal cell contamination.

Test details

Analysis for deletions and duplications of exons in SMN1 and SMN2 is performed using the multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) technique. DNA results are based on the analysis of SMN1 exon 7 for a homozygous deletion. In cases where a homozygous deletion is not detected, copy number of the SMN1 gene is determined by dosage analysis. Dosage analysis is also performed to determine carrier status for SMA.

Test limitations

Approximately 95% of individuals with spinal muscular atrophy are homozygous for a deletion in SMN1. Approximately 5% have one deletion of SMN1 and a mutation in the other SMN1 allele. The remainder (<1%) have mutations in both their SMN1 genes. Therefore, a negative result does not rule out SMA in affected individuals or carrier status in unaffected individuals. Carrier status is not disclosed in children.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 6 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Test details

Many individuals with XY or XX disorders of sex development have chromosome rearrangements involving the SRY locus in Yp11.31, and mosaic cell lines with a Y chromosome can be seen in some individuals with apparent homogeneous 45,X constitutions. The presence or absence of the SRY gene and Yq12 heterochromatin can typically be detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) using commercially available probes on interphase nuclei and metaphase chromosomes.

Test limitations

This test cannot detect point mutations or other molecular defects of the SRY gene, which are reported in some patients with disorders of sex development.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Cultured amniocytes or CVS: 2xT25 flasks

DNA: 1000ng (minimum concentration: 50ng/ul)

DNA for familial variant testing: 200ng (minimum concentration: 50ng/ul)

Additional requirements

ONLY samples referred through Cardiology or Genetics Clinic are accepted.

For familial variant testing: please attach a copy of the proband's laboratory report (or name of proband for whom testing was previously performed by our laboratory) and indicate relationship to the proband.

For prenatal samples: please notify the laboratory in advance for prenatal studies. Maternal blood sample (5 mL in EDTA tube) also required to rule out maternal cell contamination.

Gene content 

Genes: ACTA2, ARIH1, COL3A1, EFEMP2, FBN1, FOXE3, LOX, MYH11, MYLK, PRKG1, ROBO4, SLC2A10, SMAD2, SMAD3, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGFBR2, and THSD4

Including MLPA of: COL3A1, FBN1, TGFBR2, and TGFBR1

Test details

DNA results are based on the analysis of the coding sequence and 10 base pairs immediately adjacent to each exon of the relevant genes known to be associated with TAAD . This test is performed by oligonucleotide-based target capture (TruSight Cardio Panel, Illumina) followed by next generation sequencing using an Illumina instrument. Additional Sanger sequencing is performed for relevant regions that have insufficient coverage, and to confirm clinically significant variants and variants of unknown significance when applicable. To detect large genomic deletions and duplications, multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) using the available MRC Holland MLPA kits for analysis of COL3A1 (P155 – EDS), FBN1 (P065-Marfan 1, P066-Marfan 2), TGFBR2 and TGFBR1 (P148) is performed.

Test limitations

Mutations in the FBN1 and ACTA2 genes account for 23-27% of TAAD cases, therefore a negative test result does not rule out the diagnosis. This analysis detects >99% of variants within the tested genes.

Turnaround time

Routine: 10 weeks

Familial variant testing: 4 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: EDTA (purple top) tube

Adult: 2 x 6 mL

Child: 2 x 3 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

DNA: 200ng (minimum concentration: 25ng/ul)

Test details

Analysis of the F5 p.Arg534Gln (Factor V Leiden) and the F2 c.*97G>A (prothrombin 20210G>A) variants are performed using PCR followed by restriction enzyme digest. Variant nomenclature is based on the Human Genome Variation Society recommendations and protein accession #'s NP00012.2 (F5), and nucleotide accession number NC000011.8 (F2).

Test limitations

Additional inherited and environmental causes of thrombosis are known to exist, therefore, negative results do not eliminate the possibility of thrombophilia in the patient.

Turnaround time

Routine: 10 weeks

Requisition and more information

You can find the requisition form for this test here.

Find more information on Thrombophilia.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Bone marrow: 1x1 mL (first draw)

Test details

Rearrangements resulting in loss of the TP53 (P53) locus at 17p13.1 are seen in a variety of neoplasms including of lymphoid or myeloid origin. Rearrangements involving the TP53 locus are detectable using commercially available fluorescence in situ hybridization (FISH) probes on interphase nuclei and metaphase chromosomes.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Prenatal Samples: click here for more details

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Test details

Most individuals with Williams syndrome have a deletion of the long arm of chromosome 7 occurring in region 7q11.23, which includes the ELN gene. This deletion can typically be detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) using a commercially available probe.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.

Sample requirements

Blood: Sodium Heparin (green top) tube

Adult: 1x 10 mL

Infant (<1 yr of age): 1 x3 mL

Prenatal Samples: click here for more details

Amniotic Fluid: 1x 20mL

Chorionic villi: 10-20mg

Test details

Most individuals with Wolf-Hirschhorn syndrome have a deletion distal to 4p16.3 on the short arm of chromosome 4. This deletion can typically be detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) using a commercially available probe.

Turnaround time

Expedited: 2 weeks

Routine: 3 weeks

Requisition form

You can find the requisition form for this test here.