laboratoire de génétique questions fréquemment posées

Quel type/volume d’échantillon est accepté pour un test particulier?

Quels sont les conditions de transport/manutention acceptables pour un type d’échantillon en particulier?

Quelles sources de tissu/organe solide sont acceptées pour l’extraction d’ADN?

Toutes les sources de tissus frais (rein, peau, foie, etc.) sont acceptées. Les tissus ayant été fixés à la formaline et enrobés de paraffine (FFPE) ne sont PAS acceptés pour l’extraction d’ADN.

Les produits de conception (POCs), les morts fœtales in utero (IUFDs) et les mortinaissances doivent OBLIGATOIREMENT être envoyés au laboratoire de pathologie, où ils seront préparés puis transférés au laboratoire de diagnostic génétique du CHEO pour être testés, si l’indication clinique correspond aux critères d'analyse admissibles. Veuillez compléter une requête de pathologie EN PLUS de la requête de cytogénétique.

Veuillez noter que les tests cytogénétiques sur les mortinaissances, POCs et IUFDs font l’objet de restrictions; les échantillons référés pour pertes récurrentes de grossesse ne sont PAS acceptés, à moins qu’il y ait une présence documentée d’anomalies à l’échographie ou d'anomalies congénitales.

Si vous avez des questions quant aux indications cliniques ou sources/types d’échantillons qui sont acceptés, veuillez contacter le laboratoire.

Quel est le délai d'obtention des résultats des analyses?

Quel est le tarif pour un test en particulier?

Est-ce que les échantillons provenant de l’extérieur du Canada sont acceptés?

En vertu de la réglementation sur les assurances et l’octroi des permis de laboratoire, il nous est impossible d’accepter des échantillons provenant de l’extérieur du Canada.

Veuillez consulter le Registre des tests génétiques (GTR) pour la liste des laboratoires offrant un test en particulier. Veuillez noter que la liste centralisée de tests génétiques affichée sur le site de ce registre provient des informations fournies à titre volontaire par les différents laboratoires.

Est-ce que les échantillons prénataux sont acceptés pour un test particulier?

Les échantillons prénataux sont acceptés pour la plupart des tests de génétique moléculaire offerts par le laboratoire, à l’exception des tests suivants: dystrophie musculaire facio-scapulo-humérale (FSHD), cancer héréditaire du sein et de l’ovaire (BOHC), hémochromatose (HFE), et thrombophilie.

Les échantillons prénataux sont acceptés pour la plupart des tests de cytogénétique offerts par le laboratoire, incluant l’analyse chromosomique (caryotype), l’analyse par FISH sur chromosomes métaphasiques, et la détection rapide des aneuploïdies (RAD). Toutefois, l’analyse par micropuce à ADN ainsi que le suivi par PCR quantitatif (qPCR) des résultats de micropuce ne sont pas disponibles pour les échantillons prénataux.

Toutefois, l’analyse par micropuce à ADN ainsi que le suivi par PCR quantitatif (qPCR) des résultats de micropuce ne sont pas disponibles pour les échantillons prénataux.

Quels types d’échantillons font l’objet d’une analyse prioritaire?

• Échantillon prénatal (liquide amniotique, villosités choriales (CVS) ou sang de cordon)
• Nouveau-né (âgé de 3 mois ou moins)
• Femme enceinte ou couple dont la partenaire est enceinte
• Parents d’un fœtus “in utero” avec caryotype anormal
• Échantillon diagnostique de leucémie aigüe (LAL, LAM)
• Échantillon diagnostique de tumeur solide ou de lymphome de Burkitt/de haut-grade

Veuillez contacter le laboratoire pour toutes autres situations pour lesquelles vous souhaiteriez que l’analyse soit priorisée.

Pour quels tests de génétique moléculaire un échantillon d’ADN déjà extrait est-il accepté?

Dans quelles situations faut-il fournir un échantillon des deux partenaires dans du couple?

• Grossesse précédente/enfant avec une anomalie chromosomique de structure
• Infertilité de cause inconnue
• ≥3 pertes récurrentes de grossesse avec le/la même partenaire

Veuillez indiquer le nom et la date de naissance du partenaire sur chaque requête.

Dans quelles situations devrait-je référer un patient à la Clinique de génétique du CHEO?

Le Laboratoire de diagnostic génétique du CHEO offre une sélection de tests de cytogénétique et de génétique moléculaire pour divers syndromes et maladies affectant les enfants et les adultes.

La Clinique de génétique du CHEO offre des services de consultation clinique et conseil génétique, et effectue le suivi clinique approprié avec les patients s’il y a lieu. La clinique accepte les demandes de consultation faites par les médecins ou autres professionnels de la santé. Veuillez consulter le site de la clinique pour de plus amples informations.

Quelles sont les informations dont le laboratoire a besoin afin d’effectuer le dépistage d’un variant familial?

Si les analyses chez l’individu porteur du variant ont été effectuées au Laboratoire de diagnostic génétique du CHEO: veuillez indiquer sur la requête pour quel(s) variant(s) le test est demandé, ainsi que des informations permettant d’identifier l’individu qui a déjà été testé par le laboratoire (nom et prénom, date de naissance, numéro de référence généalogique ou “pedigree” du CHEO).

Si les analyses chez l’individu porteur du variant ont été effectuées par un autre laboratoire: Veuillez attacher une copie du rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant. Ce rapport doit clairement indiquer le gène et le transcrit analysés (NM#), la nomenclature HGVS p. et c., ainsi que la classification du variant afin que notre laboratoire puisse s’assurer d’effectuer le test approprié. Dans l’éventualité où le rapport des analyses génétiques effectuées chez l’individu porteur du variant ne serait pas disponible, veuillez contacter le laboratoire.

Est-ce qu’un échantillon contrôle positif est requis?

Est-ce que le Laboratoire de diagnostic génétique du CHEO peut effectuer le dépistage de variant familial d’un gène pour lequel il n’offre pas de tests génétiques?

Non; le dépistage de variant familial n’est offert que pour les gènes qui sont inclus dans les tests génétiques offerts par le laboratoire.

Veuillez consulter le Registre des tests génétiques (GTR) pour la liste des laboratoires offrant un test en particulier. Veuillez noter que la liste centralisée de tests génétiques affichée sur le site de ce registre provient des informations fournies à titre volontaire par les différents laboratoires.

Dans quelles situations est-il approprié de demander le panel pour pan-cardiomyopathie plutôt qu’un panel spécifique à un syndrome?

Le panel pour pan-cardiomyopathie est approprié dans les cas où un diagnostic de cardiomyopathie est connu ou fortement suspecté, mais que le phénotype est atypique ou qu’il n’est pas spécifique à un syndrome particulier.

• Il est important de noter que le panel pour pan-cardiomyopathie ne permet pas une analyse complète de tous les gènes associés à l’arythmie cardiaque. Si l’étiologie première est suggestive d’une anomalie des canaux, un panel pour arythmie cardiaque pourrait être plus approprié. Par exemple, si un patient souffre de fibrillation ventriculaire et a eu un arrêt cardiaque avant l’âge de 40 ans, le panel pour pan-cardiomyopathie n’est probablement pas le test de première ligne le plus approprié.

Pourquoi ne pas toujours demander le panel pour pan-cardiomyopathie?

Étant donné le grand nombre de gènes analysés dans le panel pour pan-cardiomyopathie, ce test peut générer un plus grand nombre de variants de signification clinique inconnue que les panels spécifiques à un syndrome. Il peut être difficile pour le médecin et le patient d’interpréter la signification de ces variants.

• Si le phénotype du patient est typique d’un des syndromes connus de cardiomyopathie, la sensibilité diagnostique supplémentaire d’un panel contenant un grand nombre de gènes est probablement limitée [Alfares et al (2015) Genet Med, PMID 25611685].

Puis-je demander que l’on analyse un seul gène en particulier et non pas tous les gènes du panel?

Qu’est-ce que l’analyse par micropuce à ADN?

L'analyse par micropuce à ADN est une technologie moderne qui a une résolution plus élevée qu'un caryotype pour détecter les délétions partielles de chromosomes et/ou les duplications partielles de chromosomes.

Quels patients devraient se voir offrir une analyse par micropuce à ADN?

L'analyse par micropuce à ADN est recommandée comme test de première ligne pour les patients avec une déficience intellectuelle, un retard développement, un trouble du spectre de l’autisme (TSA), et/ou des anomalies congénitales qui ne sont pas suggestives de l’une des aneuploïdies chromosomiques fréquentes.

Si un syndrome spécifique de micro-délétion ou de micro-duplication est suspecté, une analyse par FISH ciblant la région d’intérêt pourrait être plus appropriée. Si une aneuploïdie chromosomique (avec ou sans mosaïcisme) est suspectée, l’analyse chromosomique (caryotype) pourrait être plus appropriée. Veuillez contacter le laboratoire pour de plus amples informations quant au test le plus approprié dans chaque situation.

Quel type de micropuce est utilisée au CHEO et quel est le délai pour obtenir les résultats?

La micropuce utilisée au CHEO (CytoscanHD) contient approximativement 1,9 millions de sondes oligonucléotidiques et environ 750,000 sondes de type SNP.

Les échantillons postnataux* sont analysés avec une résolution de 50kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques). *Les échantillons provenant de mortinaissances, POCs, et IUFDs sont analysés avec une résolution de 500kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques) pour les pertes de copie et de 1000kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques) pour les gains de copie sur l’ensemble du génome; les régions de signification clinique connue ou suspectée sont analysées avec une résolution de 50kb (minimum de 25 sondes oligonucléotidiques).

Par ailleurs, les longues séquences contiguës d'homozygotie (LCSH) de 5Mb ou plus (10Mb ou plus pour les échantillons provenant de mortinaissances, POCs, et IUFDs) sur les autosomes sont incluses dans le rapport si elles chevauchent une région connue d’empreinte génomique, impliquent un chromosome entier ou plus d’une région sur le même chromosome, ou lorsque les LCSH représentent 5% ou plus du génome autosomal.

Le délai pour obtenir les résultats de ce test est d’environ 6 semaines pour les échantillons de routine.

Quel type de résultats peut-on obtenir?

La littérature scientifique et les bases de données utilisées pour l'interprétation des résultats de micropuce sont en constante évolution ; cependant, nous disposons actuellement de peu d'informations sur de nombreuses régions du génome. Ainsi, différents types de résultats peuvent être générés :

Résultat anormal

Les patients présentant une délétion ou une duplication clairement pathogène doivent être référés à la clinique de génétique du CHEO pour recevoir une évaluation clinique, un conseil génétique approprié et, si nécessaire, un suivi par dépistage génétique familial pour le résultat anormal.

Résultat de signification incertaine

Des analyses de suivi sont nécessaires pour aider à l'interprétation des variations du nombre de copies (CNVs) qui sont possiblement pathogènes ou de signification incertaine. Les échantillons requis pour le patient et ses parents seront indiqués dans le rapport de micropuce. Pour gagner du temps, le dépistage génétique familial peut être effectué avant ou en même temps que la demande de consultation à la clinique de génétique du CHEO.

Longues séquences contiguës d'homozygotie (LCSH)

Les LCSH peuvent être identifiées chez un patient dont les parents partagent un ancêtre commun (identité par descendance) ou, plus rarement, lorsqu'une disomie uniparentale est présente. Le rapport de micropuce peut inclure des recommandations de suivi pour clarifier la signification clinique potentielle des LCSH.

Résultat inattendu (également appelé découverte fortuite)

Rarement, le test peut identifier une variation du nombre de copies (CNV) qui n'est pas liée à la raison pour laquelle le test de micropuce a été effectué, mais qui pourrait être potentiellement médicalement actionnable. Les patients présentant un résultat inattendu doivent être référés à la clinique de génétique du CHEO pour recevoir une évaluation clinique, un conseil génétique approprié et, si nécessaire, un suivi par dépistage génétique familial pour le résultat inattendu.

Résultat normal

Un résultat normal implique que le patient n'a pas de duplication ou de délétion de taille supérieure à celles mentionnées ci-dessus. Une analyse chromosomique conventionelle (caryotype) n'est pas indiquée pour les patients ayant un résultat de micropuce normal. Une analyse par micropuce à ADN normale n'exclut pas le mosaïcisme, les réarrangements génétiquement équilibrés, les délétions ou duplications plus petites, les anomalies de l'empreinte, la disomie uniparentale, ni les mutations ponctuelles. Une analyse par micropuce à ADN n'est pas conçue pour évaluer la possibilité d'une condition monogénique. Il existe de nombreuses raisons pour lesquelles une demande de consultation à la clinique de génétique du CHEO est appropriée, peu importe les résultats de micropuce.

Quels échantillons sont nécessaires pour effectuer le suivi des résultats obtenus par micropuce?

Les informations quant aux échantillons nécessaires pour effectuer le suivi des résultats obtenus par micropuce sont inclues dans le rapport de l’analyse par micropuce à ADN du patient. À moins que l’échantillon nécessaire ne soit déjà à la disposition du laboratoire, il est toujours nécessaire d’acheminer un échantillon du patient (contrôle positif) pour les analyses de suivi. L’analyse ne débutera que lorsque les échantillons de tous les membres de la famille qui sont jugés pertinents auront été reçus. Si l’analyse par micropuce n’a pas été effectuée par le Laboratoire de diagnostic génétique du CHEO, veuillez attacher une copie du rapport de l’analyse chromosomique sur puce à ADN avec la demande de suivi.

Quand est-il approprié de demander une réinterprétation des variants précédemment rapportés ?

Nous ne faisons pas de réinterprétation des variations du nombre de copies (CNVs) détectées par micropuce.